Haavik’in yenilgisinin üzerinden altı ay geçmiştir. Müthiş Çocuklar normal hayatlarına dönmeye çalışırlar fakat hâlâ hüzün içindedirler çünkü Sabrus’a karşı verilen savaşın ardından tüm Bakugan’lar uzun bir uykuya yatmışlardır. Günlük hayat sıradan görünse de kalplerindeki boşluk hâlâ derindir. / Drago’nun geri dönüşü Müthiş Çocuklar’ı sevince boğar. Yine de diğer Bakuganlar'ın hâlâ uykuda olması endişelerini sürdürür. Drago, arkadaşlarının gücünü kendisine aktardığını ve bu yüzden erken uyanabildiğini açıklar. Sevinç ve özlem bir arada yaşanır.

Dünyaya dönen Bakuganlar Stüdyo D’de kaosa yol açarlar. Fenneca bu kargaşadan sıkılır ve kaçar. Lia pes etmez ve onun peşine düşer. İkili arasında güvene dayalı yeni bir bağ şekillenmeye başlar. / Ferascal, Şimşek ile uğraşarak eğlenir. Bu sırada Müthiş Çocuklar, Benton ile Fenneca’nın neden kaybolmadığını tartışırlar. Benton bu durumun sadece Fenneca’ya özgü olduğunu düşünür ve onu incelemek ister. Fenneca bu fikri hiç hoş karşılamaz.

Müthiş Çocuklar okul çıkışı video çekmek için hazırlık yaparlar. Ajit bu sırada Pincitaur’u kontrol eder. Onun sakin ve rahat tavırları herkesi şaşırtır. / Strata’ya karşı verilen savaşın ardından okul harap olmuştur. Drome hasarı onaramaz ve temizlik Müthiş Çocuklar’a kalır. Shun ve Sharktar bu sırada uzak bir adaya giderler ve Masato ile karşılaşırlar. Masato, Kazami teknolojisinin artık gereksiz olduğunu söyleyerek Shun’un yardım teklifini reddeder.

Sınıfa yeni bir öğrenci, Jenny Hackett, gelir. Wynton’a olan hayranlığı kısa sürede ortaya çıkar. Müthiş Çocuklar’ın videolarını takip eden Jenny, onunla arkadaş olmaya çalışırken işler duygusal bir yön kazanır. / Jenny’nin Wynton’un mobil geçidini çalıp laboratuvardaki ekipmanları yok etmesi herkesi şaşkına çevirir. Wynton yeni bir cihaz yapabileceğini söylese de bu işin sanıldığı kadar kolay olmadığını açıklar. Bu sırada Magnus’un dönüşü yeni bir gerginlik yaratır.

Drago, Pyravian’dan bir mesaj aldığını Dan’e söyler. Ona göre kötücül niyetli biri Vestroia’ya gelmiş ve İyileştirici Çekirdek Hücresini çalmıştır. Çalınan güç Dünya’ya taşınmıştır ve onu bulup geri getirmeleri gerektiğini söyler. / Wynton ve Falcron, yer altındaki gizli bir laboratuvara ulaşırlar. Burada kayıp çekirdek hücreyi bulurlar. Jenny ortaya çıkar ve onu Wynton’dan çaldığı mobil geçit sayesinde aldığını belli eder.

Geçen gece yaşananlar Müthiş Çocuklar’ı şaşırtır. Çünkü bir Geogan Mutasect, çekirdek hücreden ortaya çıkıp aniden kaybolmuştur. Dan bunun izini sürmeye karar verir. / Kayıp bir AAAnimus uçağını arayan kahramanlarımız, illegal savaşlarda kullanılan Bakuganlar'ın toplandığını öğrenirler. Drome’un bozuk olması yüzünden savaşmak yasaklanmıştır. Bu sır sakladıkları yükün nedenini açıklığa kavuşturur.

Köpek gözünden bir savaş videosu çekmeye hazırlanırlarken Los Volmos’ta ortaya çıkan bir adam, Bakuganlar'ın verdiği zararı bahane ederek tamir hizmetleri sunar. Bu adamın gizli niyetleri vardır. / Kazami teknolojisiyle geliştirilen yeni Drome test edilir. Dan ve Shun, eski Drome’un dengesizleşmesi nedeniyle risk alırlar. Eğer bu proje başarılı olursa tüm dünyada savaşlar yeniden başlayacaktır.

Dan ve Drago aniden kaybolurlar. Müthiş Çocuklar onları kurtarmak için Vestroia’ya gitmenin yollarını ararlar. Magnus ise kendi yolculuğunda yeniden karanlıkla yüzleşir. / Wynton yeni bir mobil geçit tasarlar. Vestroia’ya ulaşabilmek için gereken güç muazzamdır ve başarı ihtimali oldukça düşüktür.

Müthiş Çocuklar, Vestroia’ya ulaşır. Dan ve Drago’yu bulmak isterler fakat Spartillion yollarını keser. / Pyravian, Drago’yu Yüce Bakugan Konseyi’ne aday gösterir. Drago kabul eder fakat şartı açıktır: Dünya ve Vestroia hiçbir zaman ayrılmamalıdır.

Drago sınavı geçer ve Yüce Konsey’in yeni üyesi olur. Amacı Dünya ile Vestroia’nın ayrılmasını engellemektir. Bu sırada Şimşek ve Ferascal, altın Bakugan Apollyon’un öfkesini üzerlerine çekerler. / Müthiş Çocuklar, yaklaşan Savaş Yargısı turnuvasına hazırlanırlar. Eğitimleri Kızıl Zorbalar'ın anne babasının ortaya çıkışıyla kesilir. Çocukların evden kaçtığını öğrenirler.

Los Volmos’ta düzenlenen Bakugan Şov, Savaşçılar çeşitli yarışmalarda boy gösterdiği bir etkinliktir. Müthiş Çocuklar da kendilerini bu eğlenceli ama riskli arenada bulurlar. / Chad ve Chester konser hazırlığındadırlar. Finali, Dan ile Chad arasındaki özel bir savaşla yapmayı planlarlar. Dan sahneye çıkmayı kabul eder ve gösteri heyecana dönüşür.

Magnus, Vestroia’da Dan ve Drago’yu arar. Yolculuğunda Nillious ile birlikte Cubbo kabilesine saldıran Serpillious’a rastlar. Bu savaş onun içindeki karanlığı yeniden alevlendirir. / Turnuva öncesi Shun strateji toplantısı düzenler. Karşılarında Konsey üyeleri Viloch ve Goreene vardır ve bu savaş onları sınırlarının ötesine taşıyacaktır.

Çılgın Maskeler isimli çete bir müzeyi soyar. Wynton kendi geliştirdiği Baku-Radar uygulamasıyla onların izini sürmek ister. / Müthiş Çocuklar, Strata liderliğindeki Çılgın Maskeler ile uğraşırlarken Dan’in, Gregorius Reed ile yüzleştiğini öğrenirler. Bu çatışma iki cephede aynı anda sürer.

Bakuganların topladığı eşyalar yüzünden oluşan ve taşan çöplüğe Lia sinirlenir. Eşyaları atmak için hurdalığa giderler ve Bethany ile karşılaşırlar. / MS’nin video izlenmeleri düşer. Lia yeni fikirler arar. Wynton ormanlarda yaşadığına inanılan gizemli yaratık Kurt Adam'ın peşine düşmelerini önerir.

Şimşek ve Ferascal favori lokantalarına giderler. Ancak yeni açılan bir sushi restoranı karşısındaki mekanı zor duruma düşürür. Kahramanlarımız bu rekabetin ortasında kalır. / Bakugan Kolezyom'da Ortaçağ temalı bir macera oyunu düzenlenir. Müthiş Çocuklar hem yarışırlar hem de eğlencenin tadını çıkarırlar. /

Turnuva hazırlıkları sürerken Ajit geçmişinden bahseder. Mercimekli köriyle geçen çocukluk anıları dostluğun samimiyetini pekiştirir. / Lia ve Fenneca, Benton’ın geliştirdiği VR simülatörünü denerler. Bu teknoloji insan ve Bakugan bilincini sanal bir dünyaya taşıyabilmektedir. Eğitim yeni bir boyut kazanır.

Wynton, kardeşlerine bakmak zorunda olduğu için eğitime katılamaz. Dan yardım için Benton’a başvurmayı önerir. Eğitimin kesintiye uğramaması için yeni planlar yapılır. / Wynton, kardeşleri Anton ve Jennifer’ı oyalamakta zorlanır. Parkta yapılacak Bakugan savaşları ilgilerini çeker ve onları götürmek zorunda kalır. Kaos hızla büyür.

Kazamilere ait bir madende eğitim yapılır. Dan ve Şimşek pratik savaşına başlarken Fenneca ve Pincitaur hazine aramak için uzaklaşırlar. Yer altındaki sırlar ortaya çıkar. / EXIT ekibi Müthiş Çocuklar’dan yardım ister. Geçmişteki kötü ünlerini silmek ve yeni videolarla iyi bir imaj kazanmak isterler.

Turnuva zamanı gelir. Lia gölgeler arasında birini fark eder ve Everett ile yüzleşir. Apollyon’un gelişi mücadeleyi yarıda bırakır. / Turnuva töreninde enerjiler mücevherlere aktarılır ve eşleşmeler belirlenir. İlk maç Ajit ile Reed arasında başlar.

Pyravian kahramanları Aquos diyarına götürür. Burada derin uykudaki Bakuganları görürler. Eski dostlarının hâlâ uyuyor olması herkesi duygulandırır. / Dan ve Drago, ışığın yolunu takip ederek yapıtı bulurlar. Güçlü bir akım yapıtı korumaktadır. Mücadele sırasında Dan’in oksijen tüpü zarar görür.

Ventus diyarında Dan yapıtı ararken Wynton, Magnus ile savaşır. Nillious’un gücü Falcron’u alt eder. Wynton yeni bir strateji geliştirmek zorunda kalır. / Dan ve Drago ışığın izini sürerler. Bu işaretler onları yeni bir anıta yönlendirir. Yolculuk giderek gizemli hale gelir.

Dan, Jenny ile karşılaşır. Jenny, Geogan çağırma deneyine girişir. Mücadele güç dengesini tehlikeli şekilde değiştirir. / Yapıt, ışık kuşları şeklinde ortaya çıkar. Dan ve Drago onları yakalamak zorundadırlar. Bu test onların kararlılığını sınar.

Dan ve Magnus farklı bir boyuta sürüklenirler. Magnus hâlâ geçmiş hesaplarını kapatmak ister. Dünya ve Vestroia’nın kaderi umurunda değildir. / Dan ve Drago, Darkavia eserini ararlarken Ninjiton ile karşılaşırlar. Onu bulmak için zihinlerini karanlığın oyunlarına karşı korumaları gerekir.

Pyrus diyarında Everett ile yapılacak savaş yaklaşır. Dan ve Drago eser peşindeyken ekip içindeki tartışmalar büyür. / Dan, Everett ile yarı finalde savaşır. Yapıtların gücünün yalnızca gerçek bir savaşçının ihtiyacında açığa çıkacağı söylenir. Mücadele Dan’in üstünlüğüyle başlar.

Dan ve Magnus finalde karşı karşıya gelirler. Arena iki diyarın karışımıdır. Mücadele onların tüm güçlerini ortaya koyacaktır. / Viloch, gerçek yüzünü gösterir. Altı kristali çağırır ve Nexus’u yok ederek Dünya ile Vestroia’yı ayırmak ister.

Drago Geoganlarla birleşir ve Geo-Forge Dragonoid’e dönüşür. Dan ile birlikte Viloch’u durdurmak için son savaşa girer. / Dan ve Drago tüm güçlerini ortaya koyarlar. Bakuganlar güçlerini onlara aktarırlar. Viloch’un artan gücü zamanla Geogan’ın yaşam enerjisini tüketmeye başlar. Kader belirlenmek üzeredir.