Dan ve ailesi, babasının işi nedeniyle Bayview'a taşınmıştır. Dan, sınıf arkadaşı Jake ile kısa sürede arkadaş olur. Bir öğleden sonra, Bakugan Interspace'i ziyaret etmeye karar verirler. Jake orada Subterra Coredem ile ortak olur. Dan ve Ren bir savaş yaparlar. Dan bir vizyon görür.

Dan hâlâ, bir savaş sırasında yaşanan patlamada bilincini kaybettikten sonra gördüğü görüntüler tarafından rahatsız olur. Bu sırada Marucho, Ren’in garip davrandığını fark eder. Konuyla ilgili onu sıkıştırınca, Ren ona Gundalia gezegeninden geldiğini ve savaşçılardan yardım istemek için Dünya’ya geldiğini açıklar. Memleketi, Bakugan’ları savaş silahı olarak kullanan kötü niyetli Neathia kabilesi tarafından saldırıya uğramaktadır. Ancak daha da kötüsü, Ren’in iddiasına göre Neathia’lı ajanlar Bakugan Interspace’e sızmıştır. Bu duruma şok olan savaşçılar yardım etmeyi kabul eder ve hemen iki Neathia ajanını ortaya çıkarırlar.

Savaşçılar, Ren ile buluşarak diğer Neathia'lı gizli ajanların kimliğini öğrenirler. Bu sırada uykusuz kalan ve buluşmaya geç kalan Dan, aceleyle yola koyulur. Yolda, Fabia adında gizemli bir kızla karşılaşır ve bu karşılaşma ona tam anlamıyla “fırlatılmış” hissi yaşatır. Kısa süre içinde ekip, Fabia’nın da bir Neathia’lı olduğunu öğrenir. Onun, Savaşçıları kendi tarafına çekmek için geldiğine kesin gözüyle bakan Dan, Fabia’ya bir savaş teklif eder. Mücadeleleri devam ederken Shun, Ren’e karşı daha da şüpheci yaklaşır. Aklına bir soru düşer: Ya aslında kötü olan Neathia’lılar değilse?

Dan, Jake ile birlikte antrenman yapmak üzere savaş arenasındadır. Jake’in yakında Savaşçılardan biri olacak kadar iyi olmasını ummaktadır. Bu sırada Marucho’dan, başka bir gizli ajanın ortaya çıktığına dair bir mesaj alır. Tüm Savaşçılar hızla arenaya gelir ve bir suçluyla yüz yüze gelirler: Mason Brown. Jake, Dan’i ikna eder ve Mason’la dövüşür. Ancak bu hevesi ona pahalıya patlar. Neathia’lı Mason tarafından ağır bir yenilgiye uğrar. Bu yenilgi, Jake’in özgüvenini sarsar ve Savaşçı olma hayalini tehlikeye atar. Dan ise Jake’i bu durumun içine soktuğu için büyük bir suçluluk duyar.

Marucho, Dan ve Jake’i yanına çağırarak onlara bazı savaşçıların Bakugan Interspace’ten gizemli şekilde kaybolduğunu bildirir. Ren’in yardımıyla, bu olayların sorumlusunun Neathia’lı gizli ajanlar olduğuna karar verirler ve Bakugan Interspace’teki tüm savaşçılara hemen bir uyarı gönderirler. Bu suçlamaya öfkelenen Sid ve Zenet, onları bir savaşa davet eder ve kazanırlarsa Drago’yu alacaklardır. Ren takım arkadaşlarının yanında yer alır, ancak Neathia’lılara karşı sergilediği garip tavırlar, onun gerçekten hangi tarafta olduğu sorusunu gündeme getirir.

Alarm sistemi bir istilacıyı tespit ettiğinde, Dan, Jake, Marucho ve Ren hemen harekete geçerek istilacıyı durdurmaya çalışırlar. Karşılarına, Neathia’lı bir ajan olduğu düşünülen Jesse çıkar. Dan tam savaşı başlatacakken Shun, Fabia ile birlikte gelir ve Fabia, Jesse’ye karşı savaşma hakkının kendisine ait olduğunu söyler. Shun’un ısrarı üzerine Dan geri çekilir ve sahayı Fabia’ya bırakır. Savaş devam ederken, Ren hakkında ve Neathia’lılar konusunda söylediklerinin doğruluğuna dair sorular ortaya atılır. Savaş doruk noktasına ulaştığında ise şok edici bir olay yaşanır.

Ren’i arama çabaları sonuçsuz kalınca, Marucho onu saklandığı yerden çıkarmak için sahte bir acil durum çağrısı başlatır. Dostluk, sadakat ve aldatma konusundaki fikir ayrılıkları nedeniyle aralarında bir tartışma yaşanır ve sonunda bir savaşta karşı karşıya gelmeye karar verirler. Şiddetli bir savaş başlar ve Marucho, eski arkadaşını aslında hiç tanımadığını kısa sürede fark eder.

Savaşçılar, Gandelyalılar’ın Bakugan Interspace’te daha fazla savaşçıyı kaçırıp kendi taraflarına savaşmaya zorladığını keşfettiklerinde, olayın yaşandığı yere gidip onlara hesap sormaya karar verirler. Hızla iki farklı savaş başlar ve Ren, karışıklıktan yararlanarak kaybolur. Savaşçılar, daha fazla insanın Gandelyalılar tarafından kurban edilmesini engellemek için cesurca savaşırken, Ren çok daha kötü bir plan hazırlar. Bu plan, Gandelyalılar’ın Bakugan Interspace’in kontrolünü ele geçirip, tüm savaşçıları oradan sonsuza kadar kovmalarını hedeflemektedir.

Ren, Bakugan Interspace’in kontrolünü ele geçirdiği için, savaşçılar artık sanal dünyalarına normal giriş noktalarından ulaşamayacaklarını fark ederler. Daha fazla çocuğun Ren’in hipnoz tekniğine kurban gitmesinden korkan Jake, kontrol ünitesini parçalayıp, bu şekilde erişimi engeller. Dan ve Jake, Coredem’in ışınlanma gücü yardımıyla bir keşif görevine çıkarlar. Oraya vardıklarında, hipnotize olmuş ikize rastlarlar.

Gandelyalılar, Bakugan Interspace’in kontrolünü ele geçirmiştir. Bunun üzerine Marucho, oyuncuların Interspace’e girmesini engelleyen güvenlik sisteminin güvenli bir şekilde “Baku-Odası”ndan kontrol edildiğini tespit eder. Sistemi yeniden başlatıp oyuncuların tekrar içeri girmelerini sağlamak için bir plan geliştirir.

Gandelyalılar dış kalkanı aşarak saldırıya geçtiğinde, Neathian Kalesi Muhafızı Linus, Fabia’yı bulmak için Dünya’ya kaçmak zorunda kalır. Yanında, Gandelyalıların galaksiyi yönetebilmek için ele geçirmeleri gereken gizemli ve güçlü bir nesne olan "Element"i taşımaktadır. Bakugan Interspace’e ulaştığında, çocukları güvenli bir şekilde tahliye etmeye çalışan Shun ile karşılaşır. Shun, Linus’u Fabia ile görüşmeye götürmeyi kabul ettiği sırada, Ren ve Jesse tarafından pusuya düşürülürler ve savaşa zorlanırlar. Linus, Element’i kaybetme tehlikesiyle karşı karşıyadır.

Gandelyalılar, Neo Zipzam'in element gücünü alamazlar. Savaşçılar da Neo'yu geri almak için Bakugan Interspace’e sızarlar. Element için Dan, Sid ile savaşır.

Zenet, Julie kılığına girerek bir sahtekarlık başlatır ve Drago’yu ondan almayı amaçlar. Bu numara, gerçek Julie ortaya çıkana kadar işe yarar.

Savaşçılar, Neathia'ya vardıklarında Fabia'nın ablası, Kraliçe Serena ile tanışırlar. Fabia onları, büyük bir güç kaynağı olan Kutsal Küre'ye götürür. Ancak, Küre'nin gerçek gücünü keşfetmeden önce Gandelyalılar, Neathia'nın ikinci savunma hattını aşmıştır.

Neathia’yı Gandelyalı istilasından koruyan son bir kalkan kaldığı için, Savaşçılar daha önce yok edilen bir kalkanı yeniden devreye sokmayı amaçlayan bir plan yapar. Marucho, Jake ve Elright, ilerleyen istilacıları oyalamak ve durdurmak için cepheye giderler. Bu sırada Dan, Fabia ve Shun, ormanı geçerek kırılan kalkanın enerji kaynağını bulup kalkanı tekrar çalıştırmaya çalışırlar. Asıl soru, Marucho ve Jake’in Dan ve ekibi hedeflerine ulaşana kadar Gandelyalıları oyalamayı başarıp başaramayacaklarıdır.

Dan, Fabia ve Shun, kalkan jeneratörüne doğru ormanda ilerlerken aniden Stoica ve Jesse’nin pususuna düşerler. Shun hızla kaçarak Gandelyalılarla yüzleşmeyi arkadaşlarına bırakır. Savaşçılara bu sefer öncülük eden ise şaşırtıcı biçimde Fabia’dır. Dan ise başlangıçta geri planda kalır. Savaş ilerledikçe Stoica, Dan’in savaşa katılmaktaki isteksizliğinden şüphelenmeye başlar. Ancak kısa süre sonra fark eder ki, Savaşçılar onu yine akıllıca bir aldatmacayla kandırmıştır.

Shun ve Drago, jeneratör binasına ulaştıklarında, ikinci kalkanı yeniden devreye sokmaya çalışırken bir Gandelyalı muhafız ordusuyla karşı karşıya kalırlar. Yetmezmiş gibi, Lena ve Kazarina aniden ortaya çıkarak onları savaşa zorlar. Neyse ki, Dan ve Hawktor tam zamanında yetişip onlara destek verir.

İkinci kalkan yeniden aktif hale geldiği için, savaşçılar Neathialılara kalelerini yeniden inşa etmede yardımcı olurlar. Ancak Jake, savaşma isteğini kaybedeceğinden endişelenerek tek başına yeni Gandelyalı düşmanlar aramaya çıkar. Tam Fabia onu vazgeçirmeye çalışırken Ren ve Jesse ortaya çıkar. Kısa sürede iki taraf da savaşa hazırlanır ve bu kez Jesse, zekâdan çok sertliğiyle öne çıkar.

Mason, Gandelya gemisinden kaçtığında Nurzak ve Ren, İmparator'un firarı öğrenmesinden önce onu yakalamaya çalışırlar.

Hayatının tehlikede olabileceğinden korkan Zenet, İkinci Kalkanı yok etme görevinde Gill'e eşlik edebilmek için Ren'in bir ikizi haline gelir.

Barodius'a karşı isyanın arifesinde Nurzak, Savaşçılar'a bir mesaj göndererek onlarla buluşup barış antlaşması görüşmek istediğini belirtir. İhanet kapıda!

Kazarina, tamir edilen İkinci Kalkan'ı kırmak için tasarlanmış gizli bir silah üzerinde çalışırken Gandelyalılar, savaşta Savaşçıların dikkatini dağıtmak için hipnotize edilmiş Dünyalı çocuklardan oluşan ordularını gönderir.

Sid yapay uykusundan uyanır. Kendisinin ve "terk edilmiş" takım arkadaşlarının cam kaplarda tutulduğunu fark eder. Hızla kendini kurtarmayı başarır ve Neathia'ya doğru giden bir asker gemisine gizlice biner.

Kazarina sonunda Exokor'daki yükseltmeleri tamamladığında On İkili, tamir edilen İkinci Kalkan'ı kırmak için Neathia'ya inerler.

Ren, Barodius'a sırtını dönmeye karar verdiğinde bir çıkmaza girer.

Savaşçılar saraya ışınlandıktan sonra Ren kaybolur. Üçüncü kalkan, Gandelyalı DNA’sı olanların geçmesini engelleyen bir filtreye sahiptir. Dan, Ren için kalkanı kapatmasını isteyince Fabia öfkeyle ayrılır çünkü Ren’e güvenmez. Serena, Fabia’nın nişanlısının Gandelya savaşında öldüğünü ve bu yüzden Gandelyalılara kin beslediğini açıklar. Sonunda Fabia, Ren’e kendini affettirmesi için bir şans verir.

Jeomanyetik fırtına yüzünden Neathia’nın radarı devre dışı kalır. Savaşçılar, üçüncü kalkanın sınırında devriyeye çıkar. Dan ve Jake, Robin adında kaçırılmış bir çocukla karşılaşır. Robin, diğer çocukları kurtarmalarını ister. Jake hemen yardım etmek ister, Dan ise şüphelenir. Tartışırlar. Dan geri döner, Jake ise Robin’le gider ama bu, Kazarina’nın tuzağıdır.

Jake’in Gandelyalılar tarafından kaçırılması üzerine Dan, harekete geçmek ister ama diğer Savaşçılar onu vazgeçirmeye çalışır. O sırada Jake aniden geri döner. Yorgun ama sağlam görünmektedir ve Kazarina’dan kaçtığını söyler. Dan sevinirken, Shun şüphelenir. Jake’in önerdiği bir plan herkesi şaşırtır. Dan bile onun gerçekten Jake olup olmadığından emin değildir.

Dan, hâlâ hipnoz altındaki Jake’i kurtarmakta kararlıdır ve Savaşçılar’ı onun peşinden gitmeye zorlar. Ancak Kraliçe Serena, Gandelya’ya gitmelerini yasaklar. Dan öfkesini dile getirirken, Drago garip sesler duymaya başlar. Bir anda Dan ve Drago, Nurzak ve Mason’ın olduğu bir ara boyuta çekilir. Oradan kurtulmanın tek yolu, Dragonoid Colossus’u yenmektir.

Dragonoid Colossus, Savaşçılar’ı Gandelya’ya götürür. Ren, Jake’in yanı sıra Kazarina’nın laboratuvarındaki eski takım arkadaşlarını da kurtarmak ister. Grup ikiye ayrılır. Dan, Marucho ve Shun, Jake’i ararken Barodius bir tuzak kurar ve Dan’i gruptan ayırır. Amacı Dragonoid Colossus’u ele geçirmektir.

Dan, takımından ayrıldıktan sonra Barodius’la karşı karşıya gelir. Şiddetli bir savaş başlar ve Drago ilk başta başarılı olsa da sonunda zor duruma düşer. Yeni güçlerinin yetersiz kaldığını gören Drago’ya, Dragonoid Colossus gelişiminin henüz tamamlanmadığını söyler. Dan ve Drago, Drago’yu bir üst seviyeye taşıyacak yolu bulmak için zamana karşı yarışır.

Gandelya Kalesi’ne sızan Nurzak ve Fabia, Kazarina ve Stoica ile savaşa girer. Büyük bir saldırı sonucu yer çatlar ve Fabia ile Nurzak derinlere düşer. Neyse ki ikisi de kurtulmayı başarır. Nurzak, Fabia’nın strateji becerilerini geliştirmek için geçmişinden üzücü bir hikaye anlatır. Ardından Gandelyalı düşmanları yeniden ortaya çıkar ve savaş yeniden başlar. Nurzak, acı verici anılarından güç alarak, eski hatasını telafi etmek için tüm gücüyle mücadele eder.

Marucho ve Akwimos, Gandelyalı asker kılığına girerek bir birlik toplantısına sızar. Şaşkınlık içinde, Jake’in onlara Savaşçılar’ın stratejik sırlarını ifşa ettiğini görürler. Kazarina, Neathialıların sızmasını haber vermek için konuşmayı keser.

Savaşçılar, Nurzak’ın gizli sığınağında buluşur. Dan’in yakalanması ve Nurzak’ın düşüşünü öğrendikten sonra, Dan ve Jake’i kurtarmak için son bir çaba harcamaya karar verirler. Kazarina’nın laboratuvarına giderken saldırıya uğrarlar ve kurtarma grubu giderek küçülür, en son Fabia kalır.

Kazarina’nın hipnozu altında, Dan ve Jake bilinçaltı düzeyde birbirleriyle iletişim kurmayı başarır. Fabia onları kurtarmak için geldiği anda, büyüyü bozarlar. Kazarina kaçar, ancak üçlü onu takip eder. Kovalamaca sırasında diğerleriyle birleşirler ve yeniden tam takım olurlar. Ancak sevinçleri kısa sürer, çünkü yakında tüm savaşların sadece Barodius ve tam gelişmiş Phantom Dharak’ın Neathia’ya son darbesini vurması için bir aldatmaca olduğunu öğrenirler.

Savaşçılar, Barodius’un tam gelişmiş Phantom Dharak ile Neathia’ya saldırmak için kaçtığını fark eder. Onu takip etmeye karar verirler, ancak Kazarina ve ekibinin saldırısıyla durdurulurlar. Stoica, Airzel ve Gill’i yendikten sonra yol alabilirler. Fabia, Kazarina ile mücadele ederek arkadaşlarına gerekli desteği sağlar. Savaş devam ederken, Dan ve diğerleri Neathia’ya geri döner ve Barodius’un yıkıcı planını zamanında durdurmayı umarlar.

Fabia ve Kazarina arasındaki savaş Gandelya’da devam eder. Nurzak ve Mason ortaya çıkınca, Kazarina kaçmaya çalışır ama Gill tarafından yakalanırlar. Öldükten sonra Kazarina'nın büyüsü bozulur ve hipnoz altındaki herkes normale döner. Ren’in takım arkadaşları da savaşa katılır ve Savaşçılar, Barodius’a karşı son mücadeleye hazırdır. Ancak, artan güçlerine rağmen, Phantom Dharak’ı yenmek için yeterince güçlü olup olmadıkları hala belirsizdir.

Kutsal Küre'nin sahipliği için son savaş yaklaşıyor. Barodius, Neathia Sarayı’na doğru ilerlerken, Dan onu takip eder ve diğerleri Dharak ile savaşmaya devam eder. Barodius’a ulaşan Dan, ona meydan okumak isterken dev bir ışın tarafından vurulur. Kendine geldiğinde, kendisini garip bir boyutta bulur. Yanında Drago, Dharak, Barodius ve kendisini "Kod Eve" olarak tanıtan gizemli bir yaratık vardır.

Kod Eve, Kutsal Küre'nin gerçek gücü, Dan, Drago, Barodius ve Dharak'ı, bu güç için karar verici savaşın yapılacağı orta bir boyuta taşır. Kazanan, sadece muazzam bir güç kazanmakla kalmaz, aynı zamanda tüm Bakuganların hükümdarı olarak taç giyecektir.