Dan ve arkadaşları Dünya'ya geri döndüler ve şimdi büyük ölçüde genişletilmiş Interspace'te savaşıyorlar. Anubias Takımı ve Sellon Takımı olmak üzere, giderek daha fazla katılımcı Dan'i tahtından indirmek istiyor. Dan, rüyalarında güçlerinden vazgeçmesini isteyen maskeli bir adam tarafından rahatsız edilmektedir.

Dan ve Drago, Drago'nun yeni kazandığı güçlerini kontrol altına almak için sıkı bir eğitim programına başlarlar. Ancak Drago gizemli bir görüntünün etkisi altına girer ve kendisine Zenthon adını veren dev bir Mektogan yaratırlar.

Dan, yeni enerji ile Zenthon'un yaratılışı arasında nasıl bir bağlantı olduğunu bulmaya çalışır. Bu arada Dan ve Drago'nun hayranlar arasındaki popülaritesi giderek azalırken, rakipleri Sellon ve Anubias'ın popülaritesi artıyor. Dan ve Drago, Anubias'a karşı bir mücadeleye girişirler; Dan'in yeni güçlerini kontrol etmekte zorluk çektiği kısa sürede anlaşılır. Başka bir enerji patlaması gerçekleştiğinde Dan ve Drago, bu olayın sonuçlarına katlanmak zorunda kalacaklardır.

Marucho ve Shun, Dan ve Drago'nun gizlice eğitim aldığını ve Zenthon'un Drago aracılığıyla yeni güçler elde ettiğini öğrenirler. Dan bu bilgiyi onunla paylaşmadan önce Sellon ile savaşmayı kabul eder. Drago'nun tekrar kontrolünü kaybedeceğinden korkan Shun, arkadaşını bir ekip olmaya ikna eder.

Shun ve Marucho; Dan'e, Drago'nun yeni güçlerini bir şekilde kontrol edene kadar savaşmaması konusunda ısrar ederler. Bu arada, Üçlü Twister lakaplı kötü niyetli bir üçlü, Interspace'te iktidarı ele geçirmek için her şeyi denerler.

Anubias, Sellon'u yenerek Dan ve Drago'ya karşı bir şampiyonluk maçına çıkma hakkı kazanır. Dan ve Drago, yeni güçleriyle hâlâ baş edemedikleri için Shun ve Marucho, Dan'i savaştan vazgeçirmeye çalışırlar. Ama Dan inatçılığını sürdürür ve bu meydan okumayı kabul eder. Savaşın ortasında, Dan ve Drago bir kez daha görüntüler tarafından rahatsız edilir ve kendilerini Mag Mel ile Razenoid'e karşı savaşırken hayal ediyorlar.

Dan ve Drago iz bırakmadan ortadan kaybolurken, Shun ve Marucho ise son savaşın sonuçlarıyla boğuşmaktadırlar. Arena neredeyse yıkılmış durumda ama seyirciler heyecanlıdır ve daha fazla aksiyon istiyorlar. Sonra birdenbire Mag Mel'in iki adamı Bash Kardeşler ortaya çıkar. Yepyeni gereç Baku Nanolar ile tanışın!

Dan, Yeni Vestroia'da Drago'nun yeni gücünü kontrol etmek için ihtiyaç duyduğu huzuru bulacağını umar. İkili, orada Amazon adında genç bir Bakugan tarafından karşılanırlar. Bu Bakugan'ın, arkadaşları Preyas'ın öğrencisi olduğu ortaya çıkar. Birlikte Dan ve Drago'nun güçlerinin gerçek dünyadan daha kolay şekilde kontrol edilebileceği teorisini test etmek istiyorlar. Fakat çok geçmeden Dan ve Drago bir kez daha korkunç görüntülerle boğuşmaya başlarlar.

Amazon'un kazanmasının ardından Drago, Dan'den ayrı bir zaman geçirmesinin en iyisi olacağını düşünür. Partnerinin bu zor zamanlarda yanında kalması yönündeki yalvarışlarına rağmen Drago tek başına yola çıkar. Ancak Drago'nun, Anubias ve onun Mektoganı Venexus'uyla aniden tek başına karşılaşmasıyla, bunun pek de iyi bir fikir olmadığı ortaya çıkar.

Dan gittikten sonra Shun, Savaşçıların liderliğini üstlenir. Shun, kaosu kontrol altına almak için bir Savaş Turnuvasına katıldığında, iki gizemli savaşçı tarafından kurtarılır!

Dan ve Drago, eski dostları Wyvern tarafından ziyaret edilir. Marucho babasıyla yüzleşir ve Bakugan Interspace'i daha fazla yıkımdan nasıl kurtaracağına karar vermelidir.

Dan ve Drago, görüntülerdeki rahatsız eden gizemli maskeli varlığın kimliğini çözmeye çalışırlar. Bu arada Marucho, Paige ve Rafe'e strateji hakkında bir ders verir.

Marucho ve Shun bir şampiyonluk maçında karşı karşıya gelir. Mag Mel, uğursuz planının son aşaması için piyonları Sellon ve Anubias'ı kullanır.

Neathia'da Sellon'a karşı şiddetli bir savaşta; Dan ve Drago yardım için Zenthon'u çağırırlar. Ancak bir Mektogan Titan ortaya çıktığında beklediklerinden fazlasını elde ederler!

Dan ve Drago, Interspace'i Kaos Bakuganlarından korumak ve Savaşçılara yardım etmek üzere Yeni Vestroia'dan geri dönerler.

Sonunda Dan ve Drago, Dünya'ya geri dönerler ve hemen savaşa girerler. Zenthon'un yardımıyla ilk başta her şey zafer gibi görünür ancak aniden Mag Mel araya girer ve Dan, Zenthon'un kontrolünü tekrar kaybeder.

Savaşçılar, Gandelya'da eski dostları Ren, Fabia ve Nurzak'ın yardımına koşarlar.

Dan ve Drago, Mag Mel'le yüzleşmek için tek başlarına yola çıkarlar. Shun onları takip eder ve caydırmaya çalışır.

Dan ve Drago, Mag Mel ve Razenoid'le karşı karşıya gelir ve iki taraf kıyasıya bir mücadeleye girişir.

Savaşçılar, Interspace'ten bir acil çağrı alırlar. Ancak Dünya'ya geri dönerken bir şeyler ters gider: Beş arkadaş, yarıda kalır ve artık erişim noktalarını kullanamayacaklarını öğrenirler çünkü Kaos Bakuganları yeniden Interspace'e girmiştir. Sadece kapanmış bir erişim noktası üzerinden kaçabilirler. Ancak onları, Mag Mel'in hizmetkarları olan Anubias ve Sellon beklemektedir.

Bir Kaos Bakugan dalgası, Savaşçıların saldırıyı savuşturmak için bölünmesine neden olur. Savaşın ortasında Sellon, Dan'i çağırır ve Mag Mel ile paylaştığı bağlantı hakkında bilgiyle onu cezbeder.

Dan, Noah'tan gelen bir yardım çağrısı gibi görünen bir mesaj alır.

Dan, Mag Mel'le tekrar bağlantı kurmaya çalışır, ancak daha derin bir düzeyde.

Marucho, babası ve Kato bir kaçış planı üzerinde çalışırken Bakugan Interspace'i tamamen silme planını açıklarlar.

Dan ve diğerleri güvenli bir şekilde Dünya'ya ulaştıklarında gökyüzünde gizemli, karanlık bir ay bulurlar.

Dünyanın karanlık bölgesel boyutunda, Dan ve Drago, Mag Mel ve Razenoid'i devirmeye çalışır. Ancak fark etmedikleri şey, düşmanlarının iki arkadaşın öfkesinden beslenerek güç almasıdır. Bu arada, diğer savaşçılar Dünya'da Mechtogan Titanları'na karşı savaşmaya devam ederler; bu Titanlar, gezegenin çekirdeğine delikler açarak yok olmasına sebep olmaya çalışmaktadır.

Savaşçılar, Mag Mel'i yendikten sonra evrende barış tekrar hüküm sürer. Ancak bu durum, dört kötü niyetli Mechtogan'ın ortaya çıkmasıyla bir anda değişir. Liderleri Coredegon önderliğinde, her canlı Bakugan'ı yok etmek istemektedirler. Tabii ki, savaşçılar buna karşı durmak için hemen harekete geçerler ve savaşa atılırlar.

Savaşçılar, Mechtogan'ları kolayca yendikten sonra barış bir süreliğine sağlanmış gibi görünür. Ancak yakında yeni bir düşman ortaya çıkar: Bilge! Bakugan'ları ile büyük yıkımlar yapar ve insanlar ile Bakugan'ların barış içinde yaşamasına karşı büyük bir problem gibi görünmektedir. Savaşçılar, Bilge'yi yenmek için her şeyi denerler.

Bilge ve Mechtogan'larının bir başka saldırısından korkan Savaşçılar, Reptak'tan Dan ve Drago'ya ikinci ortak Bakugan olarak katılmasını isterler.

Jaakor'u iki eski öğrencisi ziyaret eder: Skytruss ve Orbeum.

Shun ve Jaakor, takıma son savaşın detaylarını verir ve oyuncular hızla, Bakugan'ların birleşmesinin, Bilge'ye karşı savunma yapmanın en iyi strateji olacağına karar verirler. Kısa süre sonra, kötü adam iki Bakugan ile ortaya çıkar. Şiddetli bir savaş başlar ve Radizen büyük bir zorlukla karşılaşır – tam o sırada, beklenmedik bir yerden yardım gelir!

Mira, uykusuz geçen gecelerin ardından dört yeni savaş kıyafeti üzerindeki çalışmalarını tamamlıyor. Ekibine nasıl çalıştığını anlatmaya çalıştığında ise yorgunluktan bayılır. Savaşçılar, ihtiyaç duyulmasına rağmen kıyafetleri kullanamıyorlar! Neyse ki bu umutsuz durumda eski bir dost yardım için ortaya çıkıyor.

Bilge yeniden ortaya çıkar ve eğlence parkına saldırır. Julie, sorununun ne olduğunu öğrenmek için bir muhabir olarak onunla yüzleşmeye karar verir.

Fırtınalı bir günde Gunz aniden yeniden ortaya çıkar. Dan; Bilge ve Gunz'ın aynı kişi olduğundan şüphelendiğini diğerlerine itiraf eder. Bu varsayımında haksız da sayılmaz.

Bilge, Savaşçılar'ın savaş kıyafetlerinden bazılarını çalmayı başardıktan sonra, onu saklandığı yerden çıkarmak ve kıyafetleri geri almak için bir plan yapmayı düşünüyorlar. Bu sırada Balista, Bilge'nin kimliğine dair ipuçları arar ve şok edici bir keşifte bulunur.

Savaşçılar, Bilge'yi tuzağa düşürmek için onun saklandığı yeri aramaya çıkarlar. Bilge, Dragonoid Destroyer'a karşı bir savaşta güçlü Mechtogan Mechtavius ​​Destroyer'ı ortaya çıkarır.

Savaşçılar bir kez daha Mechtavius ​​Destroyer'la savaşırken zamana karşı yarışıyorlardır ancak bu sefer Dragonoid Destroyer'ın yardımı olmadan.

Runo, Aerogan adında yeni bir Bakugan ile tanışır ve Aerogan onunla ortak olmak ister.

Nonetler, Bilge'nin gerçek kimliğini ve amaçlarını merak etmeye başlar.

Gunz, en kötü kabusuyla uyanır ve kötü çete lideri Bilge'nin tıpkı kendisi gibi göründüğünü fark eder!

Savaşçılar, Bilge'nin doğuşunu öğrenirler.

Savaşçılar, Lanet Boyutu'na sürgün edilir.

Mechtavius ​​Destroyer, Bakugan Şehri'nde kaos yaratıyor. Hala Lanet Boyutunda sıkışık olan Savaşçılar; Gunz ve Betadron ile savaşıyor.

Bakugan Şehri'ne saldırdıktan sonra Mechtavius ​​Destroyer, Yeni Vestroia'yı işgal eder. Bakuganlar cesurca bir mücadele verir ancak ona rakip olamazlar.

Savaşçılar, Mechtavius ​​Destroyer'ın yol açtığı yıkımı geri almak için Profesör Worton'ın yardımıyla zamanda geriye yolculuk yaparlar.

Mechtavius ​​Destroyer'a karşı son savaşta, Dragonoid Destroyer, insanlar ve Bakuganlar arasındaki güçlü bağın enerjisini kullanarak onu yener.