Savaşçılar, normal bir hayata geri dönmüş ve arkadaşlarının Yeni Vestroia'da güvende olduklarını düşünmektedirler. Ancak Dan, bir şeylerin yolunda gitmediği hissinden kurtulamaz. Gerçekten de kısa bir süre sonra Drago, Dan'ı ziyaret eder ve Vestroia'da korkunç bir saldırı gerçekleştiğini anlatır. Vestal halkı saldırıya geçmiştir ve tüm Bakuganları top formuna dönüştürüp kaçırırlar ve dünyalarını yeniden şekillendirmeye başlarlar.

Mira, ona kendi halkının Vestroia'ya yaptığı saldırıyı ve Bakuganların kaçırılmasını kınayan bir direniş grubuna ait olduklarını kanıtlamaya çalışır. Mira, bunu ispatlamak için Dan, Drago ve Marucho'yu ana karargâhına götürür. Orada, Mira'nın arkadaşı Ace ile karşılaşırlar. Ancak Ace, Savaşçıların orada bulunmasından pek memnun değildir.

Dan, Mira'nın direniş grubunu eğitmeyi kabul eder. Ancak bu, beklediğinden çok daha zorlu çıkar. Bazıları savaşmak istemezken, grup içinde ciddi gerginlikler yaşanır. Drago ise Dan’i bu duruma karışmaması konusunda uyarır.

Marucho, Dan ve Direniş grubunun üyeleri giderek daha da kaynaşırken üzgün bir şekilde onları izlemek zorunda kalır. Kendi Bakugan'ı olmadığı için geri planda kalır. Sonunda yeni bir ortak bulmak için yola çıkar ve bu sırada Elfin ile karşılaşır.

Dan, Vexos'ların en iyi oyuncularından biri tarafından kendisine meydan okunur. Dan, Drago ve Scorpion tüm güçlerini ortaya koymalarına rağmen yenilirler. Peki, yenilmez düşmanlarının gücünün ardında hangi sır gizlidir?

Dan'in, Gus'a karşı yaşadığı yenilgi, rüyalarına bile girer. Bu yüzden, bunun bir tuzak olduğunu bilmesine rağmen, yeniden meydan okumayı kabul eder. Mücadele oldukça zorlu geçer, ancak yardım zamanında gelir. Eski bir dost birden ortaya çıkar: Shun!

Direnişçiler, Vestroia'daki Alpha Şehri'ne giderler. Orada, Boyut Kontrolörü'nü yok etmeye çalışacaklardır. Ancak yerel bazı problemler ortaya çıkar. Mira, hemen oradan ayrılır ve kaybolan kardeşini bulmaya çalışırken, babasıyla yüzleşmek için harekete geçer.

Marucho, bir savaş yardımıyla Boyut Kontrolörü'ne ulaşmaya çalışırken, Ace ve Shun birlikte hareket etmek zorunda kalırlar. Ancak, farklı karakterleri nedeniyle birlikte savaşmaları neredeyse imkansız gibi görünmektedir.

Shun ve Ace, arkadaşlarına zaman kazandırmak için her şeyi denerler. Ancak, yarışta iki sibernetik Bakugan ile karşılaşmak zorunda kalırlar! Bu arada, diğerleri yerin altına inerek hapsedilmiş bir grup Bakugan keşfederler.

Runo, artık Dünya'da oturup Dan'i beklemek istemez. Vestroia'ya nasıl ulaşabileceğini bulmak ister. Bu arada Julie, Rusya'ya seyahat eder ve burada Dr. Michael'in bir Boyut Taşıyıcı üzerinde çalıştığını öğrenir. Ancak Dr. Michael, ona yardımcı olmayı reddeder.

Dan, Runo, Mira ve Baron, sağ salim Dünya'ya geri dönmeyi başarırlar. Ancak onlarla birlikte Gus, Lync ve Spectra da Boyut Taşıyıcı'dan çıkar. Lync, doğrudan Baron'a saldırır, ancak beklenmedik bir sürprizle karşılaşır.

Savaşçılar, bir eğlence parkında bir mola vermek isterler. Ancak bu kısa sürer, çünkü Spectra ve Gus, Mira ve Julie ile karşılaşır. Yine Spectra, Mira'dan Prens Hydron'a karşı savaşmak için ona katılmasını ister. Fakat Mira bir şart koyar: Spectra, önce onu bir savaşta yenmek zorundadır.

Mira endişelidir. Şu ana kadar sadece o ve Julie, Spectra'nın aslında kaybolan kardeşi Keith olduğunu biliyorlar. Ama ya Dan bunu öğrenirse? Bu arada, Yeni Vestroia'da arkadaşlar için durum pek iyi değildir. Shun, Marucho ve Ace, Boyut Kontrol Cihazlarını sabote etmeye çalışırken, Mylene onlara sinsi bir tuzak kurar.

Marucho, Elfin ile birlikte bir çöldedir. Bataklığa düşen Marucho, Volt tarafından kurtarılır ve daha sonra onunla bir savaşa girer. Marucho, yeni Bakugan Tuzağı Tripod Epsilon ile iyi bir performans sergilese de Volt, Bakugan Tuzağı Dynamo'yu kullanmaya başladığında işler zorlaşır ve Marucho yenilir. Dünya'ya döndüğümüzde, Mira ve Baron, Dan'in evinde vakit geçirir. Dan, bir rüyadan uyanmış olmasına rağmen, Shun ve Marucho'ya yardım etmek için Yeni Vestroia'ya geri dönme konusunda hâlâ heveslidir.

Marucho ve Ace etkisiz hale gelmişken, Shun tek başına Boyut Kontrol Cihazlarını sabote etmeye çalışır. Ancak karşısına Shadow Prove çıkar. Vexos, Shun'u savaşa davet eder ve ona yeni Bakuganı ile karşılık verir.

Spectra, Dan'in gücünü kendi amaçları için kullanmak istememesine öfkelenir. Dan'den Drago'yu zorla almak için bir savaş başlatmaya karar verir. Dan, bu meydan okumayı kabul eder ve zorlu bir mücadeleye girerler.

Dan, Drago'yu kaybettikten sonra korkunç, ateşli kabuslar görür. Bakugan'ını geri kazanmak ister. Dan, tükenmiş bir şekilde umutsuz hale gelir. Ancak tam o sırada, Apollonir ortaya çıkar.

Drago, dönüşüm geçirmiştir. Bu, Dan ve arkadaşlarının Drago'yu geri kazanma umudunu yitirmelerine neden olur. Ancak Dan, Apollonir ile Spectra'yla savaşmaya karar verir ve Drago'yu tekrar kendi tarafına çekmeye kararlıdır.

Savaşçılar, Yeni Vestroia'ya geri dönmeye hazırlanırken, arkadaşlarıyla vedalaşırlar. Ancak Spectra, arkadaşlarının planlarından haberdar olur ve Boyut Taşıyıcılarını manipüle eder. Dan ve diğerleri şimdi Yeni Vestroia'ya nasıl gideceklerini bilemezler.

Spectra ve ekibi Yeni Vestroia'ya varırlar. Mira, Shadow Prove'un Ace, Shun ve Marucho'nun Vexos'un esirleri olduğunu açıklamasıyla yaptığı seçimleri yeniden sorgulamaya başlar.

Direnişçiler yeniden bir araya gelir ve Ace korkunç gerçeği öğrenir: Mira, Vexos'lara katılmıştır.

Spectra, Mira'ya kendisi ve babası Profesör Clay'in güçlü bir mekanik Bakugan yarattıklarını ve Mira'nın eski arkadaşlarına karşı savaşmak için bu Bakugan'ı kullanması gerektiğini söyler. Bu sırada, Savaşçılar Gamma Şehri'ne ulaşmış ve Vexos'larla büyük karşılaşma başlamıştır.

Spectra, Mira ve Gus, Dan ile Ace'i Prens Hydron'un mekanik Bakuganlarıyla savaşmaya davet eder. Mira amansızca savaşır, ancak hata yapar ve sonunda liderliği tamamen Gus devralır. Dan ve Ace, ona karşı koyabilecekler mi?

Prens Hydron; Lync'ten, Spectra'nın Vexos'lara ihanet ettiğini öğrenir. Bu sırada, Dan ve Cyborg Helios arasındaki savaş şiddetle devam etmektedir. Drago'nun ise zor bir görevi vardır. Rakibini yenebilmek için, Mira'dan kazandığı altı mekanik Bakugan ile birleşmesi gerekmektedir.

Drago, mekanik Bakugan'larla birleşmiş ve saldırıya geçmiştir. Gücü, tüm Vessarayı'nı sarsmaktadır. Mylene, Prens Hydron'u sarayı yok etmeye ve Yeni Vestroia'yı terk etmeye ikna eder. Bunu yapmak için, imha modunu aktif hale getirmeyi planlarlar. Savaşçılar eski Bakuganlarını kurtarmak isterler.

Vestal sarayında, otomatik imha sayacı başlatılmıştır! Mira, Shun ve Marucho, altı efsanevi Bakugan'ı kurtarmak için ellerinden geleni yaparlar. Bakugan'lar, zar zor da olsa taşlaşmış versiyonlarından kurtulurlar. Dan, bir yandan Spectra ile ölümcül bir savaşa girişmiştir; kılıç kılıca karşı! Drago ve Hélios da birbirleriyle savaşmaktadır. Kim kazanacak? Dan ve Drago, patlamak üzere olan sarayın avlusundan sağ çıkabilecekler mi? ve tabii diğerleri de.

Yeni Vestroia’nın kurtarılmasının üzerinden altı ay geçmiştir. Dan ve arkadaşları Dünya’ya dönmüş, Bakugan’larıyla huzurlu bir yaşam sürmektedir. Ancak sürgündeki Kral Zenoheld, Profesör Clay ile birlikte tüm Bakugan’ları yok edebilecek bir silah üzerinde çalışmaktadır. Makinenin çalışması için 6 Kadim Savaşçı'nın enerjileri gerekmektedir.

Altı Kadim Savaşçı tarafından kandırılan Kral Zenoheld, Altı Özellik Enerjisine sahip Bakugan’ları ele geçirmeye her zamankinden daha kararlıdır. Mylene’in önerisiyle Prens Hydron’u, bu enerjileri toplamak üzere Vestal’a gönderir. İlk hedef Baron'dır.

Ace ve Percival, Baron’ı ararken Mylene ile karşılaşır ve Mylene hemen bir savaş başlatır. Savaş sırasında Ace giderek güç kaybeder. Tam o sırada gizemli bir yabancı belirir.

Savaşçılar, Ace ve Baron’ın Vestal’da saldırıya uğradığını öğrenince onlara destek olmak için oraya gitmeye karar verir. Bu sırada Zenoheld, Yeni Vestroia’ya Bakugan’ların top formuna dönmesine neden olan bir madde sızdırmayı başarır.

Savaşçılar Yeni Vestroia’ya vardıklarında büyük bir şok yaşar: Spectra karşılarına çıkar! Hiç vakit kaybetmeden Dan’e savaş açar. Dan ve Drago galip gelse de, Spectra yakında tekrar karşılaşacaklarını söyleyerek tehdit eder.

Kral Zenoheld, Vestal’a gitmek ister, ancak Spectra tüm yolları engeller. Bunun üzerine Shadow Prove, uzun zamandır istediği fırsatı elde eder. Görevi, Savaşçıları geri Dünya’ya çekmektir. Shadow Prove, Alice’i savaşa davet eder ve Alice, savaş için Masquerade kimliğine bürünmek istemez.

Zenoheld'in planı işe yarıyor gibi görünüyor çünkü Savaşçılar, Alice'e yapılan saldırının ardından Dünya'ya dönmeye karar verirler. Bunun bir tuzak olabileceğini düşünseler de. Bu sırada Volt, Brontes'i geri kazanmak için Gus'ı bir savaşa davet eder.

Savaşçılar, Dünya'ya geri dönerler, ancak kısa sürede tuzağa düştüklerini fark ederler. Marucho'nun evine sığınırlar ve bir koruyucu kalkanla görünmez olmaya çalışırlar. Ancak Runo saklanmak istemez. Evi terk eder ve Vexos'larla savaşmak için harekete geçer.

Marucho'nun evindeki saklanma yerinde Elfin giderek huzursuzlaşır. Vexos'larla savaşmak istemektedir. Preyas onu sert bir şekilde uyarır ve arkasından, Aquos Enerjisi'ni ondan alması gerektiğini söyler. Bu sözler Elfin'i derinden yaralar ve şehirde kaçmaya karar verir. Şehirde, Prens Hydron ve Shadow Prove onu beklemektedir.

Shun, Samuray Park'a, terkedilmiş bir eğlence parkına gider. Orada Volt ile savaşa girer ve Baron'dan destek alır. Birlikte, Ingram'ın Ventus Özellik Enerjisi'ni korurlar.

Marucho, arkadaşlarına savaşabileceği ancak özellik enerjilerini kaybetme riski olmayan sanal bir gerçeklik geliştirdiğini açıklar. Arkadaşlarıyla birlikte bu sanal gerçekliğe adım atarken, Shun geride kalır.

Kral Zenoheld'i yenmek için Savaşçılar, Kraliyet Ailesi'nin Ana Sarayı'na girmeyi planlıyorlar. Ancak, oraya nasıl gideceklerini sadece Spectra biliyor. Spectra, Dan'i kaçırarak Helios'un üstünlüğünü göstermek istiyor. Dan'e bir savaş teklif ediyor: Dan, Drago'nun mükemmel çekirdek enerjisini, Spectra ise Ana Sarayı'na giden yolu ortaya koyuyor.

Spectra sözünü tutar ve Savaşçıları Ana Saray'a götürür. Savaşçılar, hemen Bakugan Terminasyon Sistemi'ni bulmak için harekete geçerler. Bu sırada Spectra ve Gus, eski Vexos arkadaşlarıyla karşılaşır. Gus, Zenoheld'e kimliğini gizleyerek bir savaş teklif eder ve korkunç sonuçlara yol açar.

Bir tuzak, Savaşçıları kaosa sürükler. Vexoslar, hile yapmaktadır çünkü kaybetmeleri imkansız bir yol bulmuşlardır. Bu şekilde, Ventus ve Darkus Enerjilerini de alabilirler.

Spectra, Dr. Clay'e yanında bir yer ve Bakugan DNA'sının sırrını teklif eder, ancak Dr. Clay, Zenoheld'e sadık kalır ve Spectra ile artık baba-oğul ilişkilerinin sona erdiğini ilan eder. Kısa süre sonra Hydron, Dan ve Mira arasında bir savaş başlar, tam o sırada Spectra, Dan'in yanında savaşmaya gelir! Hem de yepyeni bir makineyle!

BT Sistemi tamamlanmış ve Direniş ile Spectra, büyük bir tahliye başlatmak için Yeni Vestroia'ya doğru yola çıkarlar. Birçok Bakugan, Direniş'in Bakugan'ları da dahil olmak üzere, Marucho'nun evine gönderilir. Ancak Drago, herkesin kurtarıldığından emin olmak için geri kalmaya karar verir. BT Sistemini yok etmek ister.

Savaşçılar, Baron ile birlikte Dünya'ya dönmüşlerdir. Baron, savaş becerilerini geliştirmek için Dünya'da kalmak istemektedir. Arkadaşları ona katılır ve Bakugan İç Uzay Sistemi'ne girerler. Burada, garip Bakugan'larla karşılaşırlar.

Yeryüzünde hayat yavaşça normale dönmeye başlar. Ancak sonra Spectra ortaya çıkar ve yine kaos yaratır. Telepatik bir mesajla Dan’i son bir savaşa çağırır: Drago ile Helios arasındaki nihai mücadeleye.

Keith, Marucho ve diğerlerini, Drago'yu bir savaş ekipmanıyla donatmanın daha iyi olacağına ikna eder. Ancak savaşta, Drago'nun vücudunun ekipmanı reddettiği ortaya çıkar. Drago korkunç acılar çeker ve Savaşçıların mücadeleyi sonlandırmak istemesine rağmen, Drago mücadeleye devam eder.

Zenoheld, Profesör Clay'in silah sistemiyle Dünya'yı ve Vestal'ı yok etmeyi planladığını duyurur. Bu durum, masumların zarar görmesini istemeyen Volt'u derinden etkiler. Volt, Vexos'lardan ayrılır ve Vestal'a geri döner. Ancak orada Hydron onu, ihaneti nedeniyle beklemektedir.

Lync, Alice'in geçmişi nedeniyle vicdan azabı çekmektedir. Bu yüzden "Alternatif"in ayrıntılı planının bir kopyasını çalar. Ancak Hydron, onun da peşindedir.

Mylene ve Shadow Prove, Dünya'ya doğru yola çıkarlar. Marucho'nun evinde Mylene, Mira'yı rehin alır. Bakugan İç Uzayında savaşırlar ama sonu çok kötü biter.

Hydron, babasıyla karşı karşıya.

Hydron, Kral Zenoheld'den intikam almak istemektedir. Gus aniden hücrede belirir ve onu savaşa davet eder. Bu, prensin hücresinden çıkmasını sağlar. Bu sırada Savaşçılar; Keith, Spectra ve Helios'u törenle aralarına kabul ederler.

Savaşçılar, Keith'in Zenoheld ile yüzleşmek için gittiğine inandıkları Ana Saray'a giden yolu bulmak için Alice ve Dr. Michael'dan yardım ister.

Yeni bir savaş ekipmanı! Hafızası iyi Shun! Alternatif Silah Sistemine karşı intikamlarla dolu nihai savaş!