Rex, bir şehirde kontrolden çıkan bir E.V.O.’yu iyileştirir. Üstleri tarafından performansı nedeniyle eleştirilir ve özgürlüğünün kısıtlı olmasından dolayı hayal kırıklığına uğrar. Bunun üzerine Bobo ile birlikte Providence’dan kaçar ve bir yolculuğa çıkar. Bir şehirde, bir grup gençle karşılaşır. Sarı saçlı bir genç olan Noah gelir ve ona, kullanıldığını söyler. Rex, artık onlara bedava hizmet vermek istemediğini söyledikten sonra, gençler onu “tuhaf” olarak nitelendirir ve gençler giderler, Noah kalır. Kısa sürede Rex ile iyi arkadaş olurlar. Ajan Altı onu geri almaya geldiğinde Skalamander, Biowulf ve Breach adlı üç E.V.O. çıkar ve Rex’i kaçırmaya çalışırlar. Dövüş sırasında Rex, Noah ve Bobo; bir portal aracılığıyla Abysus’a atılırlar. Orada Van Kleiss ile karşılaşırlar. Van Kleiss güçlerini gösterir, kendini tanıtır ve onları eski nanit salınım olayının gerçekleştiği harabe bir kaleye davet eder. Van Kleiss, Rex’in geçmişi hakkında bilgi sahibi olduğunu ima ederek güvenini kazanmaya çalışır fakat onu arkadaşlarından ayırdıktan sonra ona ihanet eder ve nanitlarını emmeye çalışır. Noah ve Bobo, kaçmayı başarırlar ve Van Kleiss’i oyalayarak Rex’in kurtulmasına yardımcı olurlar. Üçü hava yoluyla kaçar. Van Kleiss peşlerinden gelir. Ajan Altı, Providence görev gücüyle onlara yetişir ancak son çatışmada Van Kleiss’i yenmek Rex’e kalır. En sonunda Rex yeni bir oda kazanır ve bundan keyif alır.

Ajan Altı, Rex’in son anda iyileştirdiği bir rahibi E.V.O.’ya dönüştüren kişiyi neredeyse öldürdür. Rex, Providence’ın acımasız “iyileştir, kontrol et veya öldür” politikasına dair kafası karışır. Ardından Rex, Altı ve Bobo, Manhattan’a gönderilirler. Burası, Peter Meechum adlı bir E.V.O. tarafından kontrol edilen zombi benzeri E.V.O.’larla dolmuştur. Dr. Meechum’ın kontrolünün yayılmasını durdurmanın çok tehlikeli olduğuna karar veren Beyaz Şövalye, Bleach Protokolü’nü başlatır ve Meechum ile enfekte olmuşları öldürmek için Manhattan Köprüsü’nde nükleer bir silahın patlatılmasını emreder. New York’un yok edilmesine izin vermeyi reddeden Rex, Meechum’ın kızı Sarah’ın Van Kleiss tarafından kaçırıldığını ve Meechum’ı Manhattan’ı ele geçirmeye zorlamak için bir pazarlık kozu olarak kullanıldığını öğrenir. Meechum, Rex ile iş birliği yapmayı kabul eder ve Rex, onu ve diğer enfekte olmuş kişileri iyileştirir. Ardından Rex, Sarah’ı kurtarır ve onu Meechum ile bir araya getirir. Meechum Providence koruması altına alınır.

Rex, Noah ve Bobo; Providence’dan gizli olarak Cabo Luna tatil adasına “tatile” giderler. Rex, burada Circe adında gizemli bir kıza karşı bir ilgi duymaya başlar. Gece garip bir ses duyan Rex, Circe’ün dev bir E.V.O. deniz canavarı tarafından saldırıya uğradığını görür. Ona yardım eder ve Circe’ün de bir E.V.O. olduğunu öğrenir. Circe, yüksek sesle bağırarak diğer E.V.O.’ları çağırma yeteneğine sahiptir ve deniz canavarını Pack’e, yani Van Kleiss’in takipçilerine katılmak için yapılan bir giriş ritüelinin parçası olarak çağırmıştır. Ajan Altı gelir ve Rex’in Pack ile savaşmasına yardım eder. Ancak Rex, Circe’ü Pack’ten ayrılıp Providence’a katılması için ikna etmeye çalıştığında Circe bunu reddeder ve Pack’in onu gerçek haliyle kabul eden tek grup olduğunu açıklar. Circe, Pack ile birlikte Abysus’a giderken Rex, isteksizce Providence’a geri dönüp üzüntüsünü işine gömerek bastırır. Abysus’ta Van Kleiss, Circe’ün başarısızlığını affeder çünkü Rex ile gelişen romantizmini ona ulaşmak için kullanmayı planlamaktadır.

Providence merkezinde, örümcek benzeri bir E.V.O. kaçar ve Dr. Holiday, tüm üssü kilitler. Rex ve Noah, Hayvanat Bahçesi'nde mahsur kalırlar ve E.V.O.’dan kaçmak için birlikte çalışırlar. Panikleyen Noah, Beyaz Şövalye tarafından Rex’i gözetlemesi için tutulduğunu yanlışlıkla açıklar. Öfkelenen Rex güçlerine erişimini kaybeder ve Noah örümcek E.V.O. tarafından yakalanır. Rex ve Holiday, E.V.O.’nun Providence ajanlarını ve Noah’ı ağlarla örülmüş kozalara sardığı yere ulaşır. Holiday, E.V.O.’nun küçük kız kardeşi olduğunu ve ne yazık ki Rex’in onu iyileştiremeyeceğini açıklar. Rex ve Providence, E.V.O.’yu etkisiz hale getirir ve yeniden yakalarlar. Rex de Noah ile barışır. Rex, Beyaz Şövalye'ye onu bir daha kandırmaya çalışırsa peşine düşeceğini söyleyip tehdit eder ve Providence’dan kaçar. Altı ise Noah hakkındaki gerçeği açıkladığı için sorumluluğu üstlenir.

Rex, Providence’dan kaçarken E.V.O.’lar tarafından saldırıya uğrayan bir grup mühendise rastlar ve onlara yardım eder. Teşekkür olarak mühendisler, Rex’i dünyadan gizlenen köylerine götürürler. Mühendislerden Jacob, topluluğun Nanit Olayı sonrası işlerini kaybetmiş mühendislerden oluştuğunu ve “Mimar” adlı bir adamın, nanitlarla küresel ölçekte iletişim kurabilecek bir kule inşa ettiğini açıklar. Rex topluluğu ve onların kendisini kabul etmesini Providence’ın soğukluğuna kıyasla seve, ancak Mimar’dan şüphelenir ve kulenin gizemini araştırır. Mimar’ın aslında Zag RS adlı kötü niyetli bir yapay zekâ tarafından kontrol edilen bir android olduğunu öğrenir. Zag RS, iletişim kulesini kullanarak tüm nanitları ve bununla birlikte tüm canlıları yok etmeyi planlamaktadır. Rex, Mimar’ın gerçek doğasını köylülere açıklar ve birlikte kuleyi devre dışı bırakıp Zag RS’yi yok ederler. Rex; Bobo, Altı ve Holiday ile her Cuma Jacob’un ailesi gibi birlikte yemek yemeleri şartıyla Providence’a geri döner.

Rex, bir E.V.O.’dan çok fazla nanit emip kritik duruma girince fazla nanitları boşaltmak için Antarktika’daki üsse götürülür. İşlemden uyandığında Altı, Bobo ve Holiday’in kaybolduğunu görür ve dışarıda Pack’in onları alt etmeye çalıştığına şahit olur. Üssün içinde Rex, Providence bilim insanı Weaver tarafından ihanete uğrar. Weaver’ın nanitlarını Van Kleiss’e verdiği ortaya çıkar. Rex diğerlerini bulur ve Weaver ve Pack'le yüzleşir. Weaver, Rex’in fazla nanitlarını açığa çıkararak onları korkutup kaçırmaya çalışır fakat bu süreçte kendisi devasa bir E.V.O.’ya dönüşür. Rex onu iyileştirmeye çalışırken nanitlarla iletişime girer ve geçmişine dair anılar görür. Altı, Weaver'ı alt eder. Rex, kalan nanitlarını boşaltmak için Güney Pasifik’te ıssız bir adada bulunan üsse götürülür. Rex adayı Bobo ile keşfe çıkarken Altı ve Holiday, Rex hakkında özel olarak konuşurlar.

Van Kleiss ve Pack, New York’taki Birleşmiş Milletler merkezine aniden gelirler. Abysus’un lideri olarak diplomatik dokunulmazlığı bulunduğu için Rex’in ona saldırması yasaktır. Van Kleiss, Birleşmiş Milletler delegelerine Abysus adına konuşma yapmak istediğini söyler, fakat Providence ondan şüphelenir. Van Kleiss, Rex’i bir davete çağırır ve Rex, Ajan Altı, Bobo ve Holiday ile birlikte bu davete katılır. Partide, Rex yer altı geçidinde arkadaşı Circe ile karşılaşır. Amaç Van Kleiss’e tam gücünü kazandırmaktadır. Van Kleiss, B.M. delegelerini rehin alır, ancak Rex, yer altı geçitlerinde bir delik açarak Doğu Nehri’nin dolmasını sağlar ve onu alt eder. Rex, Van Kleiss’i öldürmeye hazırlanır fakat Van Kleiss ona anne ve babasını tanıdığını söyler. Bu sözler Rex’in tereddüt etmesine yol açar ve Van Kleiss kaçmayı başarır.

Rex, boş bir kasabanın içindeki ürkütücü bir yatılı okulda uyanır ve oraya nasıl geldiğine dair hiçbir şey hatırlamaz. Dr. Holiday ile bağlantıya geçtiğinde, aniden Değişken tarafından saldırıya uğradığını ve onun portallar kullanarak Rex’i bilinmeyen bir yere ışınladığını öğrenir. Holiday, Değişken’i yakalamıştır ve Rex’in nerede olduğunu açıklamasını ister. Rex, terk edilmiş kasabayı araştırırken kendisini Greenville, Ohio’da bulur. Holiday, buranın iki yıl önce hiçbir iz bırakmadan kaybolduğunu söyler. Bunun üzerine Rex’in, Değişken tarafından yapılmış bir cep boyutuna hapsedildiği sonucuna varırlar. Değişken, Rex’i en yeni “oyuncağı” olarak orada tutmaktadır. Rex, bu cep boyutunun Değişken için güvenlik ve huzur kaynağı olduğunu fark eder. Onu çaresizliğe sürüklemek için diğer tüm “oyuncaklarını” yok eder ve sonunda Değişken onu serbest bırakır ve patlayarak yok olur. Daha sonra Rex, Değişken’in hissetmiş olması gereken yalnızlığa karşı bir sempati duyar ve elindekilerin değerini yeniden takdir etmeye başlar.

Providence, gizemli kutular aracılığıyla zengin kişilere yapılan ve kurbanları geçici olarak E.V.O.’ya dönüştüren saldırıları araştırır. İzler, Nanit Olayı sırasında ortadan kaybolan nanorobotik uzmanı Dr. Gabriel Rylander’a çıkar. Rylander’ın bir oğlu olduğunu öğrenen Rex, onun babası olabileceğinden şüphelenir ve Ajan Altı, Holiday ve Bobo ile birlikte Güney Amerika’ya Rylander’ı bulmaya giderler. Rylander’ın tesisinde Van Kleiss ve Pack ile karşılaşırlar. Onlar, sınırsız nanit kaynağı olduğu söylenen bir şeyin peşindedir. Rex tesise girer ve Rylander ile tanışır. Rylander, Rex’in babası olmadığını fakat ona adını veren kişi olduğunu açıklar. Rex’in ailesi, nanitları geliştiren orijinal Nanit Projesi’nde çalışmıştır. Ölümcül bir kaza sonrasında Rex’i kurtarmak için deneysel nanitlar ona aktarılmıştır ve bu da ona güçlerini kazandırmıştır. Rylander’ın saldırdığı kişiler projeyi başlatanlardır ve saldırılar, işlerini tamamlamamanın sonuçlarına dair bir uyarıdır. Rylander, Rex’in hayatta olan bir kardeşi olduğunu açıklar ve ona bilinmeyen bir nanit enjekte eder. Ancak geçmişi hakkındaki tüm gerçeği anlatamadan Van Kleiss tarafından bıçaklanır. Rex ile Van Kleiss savaşır, Rylander ise son gücüyle Van Kleiss’i bir nanit reaktörüne iter. Bu olay, ikisinin de görünüşte ölümüyle sonuçlanır.

Providence askerlerinden oluşan ve Kaptan Calan’ın yönettiği bir ekip, önemli bir veri çubuğu taşırken saldırıya uğrar. Tek yönlü dev bir kuvvet alanıyla çevrili olan bu bölgeye Rex, ajanları ve veri çubuğunu kurtarmak için gönderilir. Burada “Yüzsüz” adı verilen bir E.V.O. ile karşılaşır. Yüzsüz, Providence’ın teknolojisini kullanarak Böcek Kavanozu’ndan kaçmak istemektedir. Rex ve ajanlar, Yüzsüz ile onun E.V.O. sürülerini yenerek veri çubuğunu kurtarırlar. Ardından veri çubuğunu Beyaz Şövalye’ye teslim ederler.

Rex, sürekli peşine düşüp saldıran fakat her seferinde yakalanmadan kaçan tavşan benzeri bir E.V.O. ile uğraşır. Bu sırada Noah, ondan Claire Bowman adındaki bir kızla olan buluşmasında yoldaşlık yapmasını ister ve Rex, Claire’in arkadaşı Annie’nin eşi olarak lise balosuna gider. Randevu sırasında Rex, Annie’nin olağandışı bir şekilde kötü şans yaydığını ve onunla çıkmaya çalışan tüm erkekleri ağır şekilde yaraladığını öğrenir. Baloya gitmek üzereyken Rex ve arkadaşları, tavşan E.V.O.’nun saldırısına uğrarlar. Providence’ın mobil saldırı aracı ve Annie’nin kötü şansı sayesinde onu birlikte alt etmeyi başarırlar. Baloya vardıklarında etkinlik bitmek üzeredir. Claire, bunun hayatında geçirdiği en eğlenceli buluşma olduğunu söyler. Rex ise Annie ile bir daha asla çıkmayacağını kesin bir dille belirtse de onun sevimli olduğunu kabul eder.

Rex, Hong Kong’daki bir görev sırasında kendisini tanıyan bir grup genç E.V.O. ile karşılaşır. Gençler, hafızasını kaybetmeden önce çok yakın arkadaş olduklarını, birlikte yaşadıklarını ve Rex’in onların lideri olduğunu söylerler. Ancak Rex, arkadaşlarının E.V.O. suç lordu Quarry için çalıştıklarını ve onun zoruyla soygun yaptıklarını öğrenir. Rex onları Quarry’nin elinden kurtarmaya çalışırken Quarry, arkadaşlara geçmişte Rex’in onları kendisine sattığını ve başlarına gelenlerden onun sorumlu olduğunu ortaya çıkarır. Şaşıran ve ihanete uğramış hisseden arkadaşları, Quarry için çalışmaya devam etmeye karar verirler. Rex, onların bu hayatı sürdürmesini istemez ve Quarry’yi alt eder, geçmişinin onun kim olduğunu belirlemesine izin vermeyeceğini ilan eder. Daha sonra arkadaşlarıyla barışır ve onların Providence’dan kaçmasına izin verir. Beyaz Şövalye’ye ise kaçtıklarını söyler.

Rex, bir mahalledeki E.V.O. saldırısını durdurmaya çalışırken Avcı Cain adlı bir intikamcıyla karşılaşır. Cain, E.V.O.’ların tedavisi olmayan bulaşıcı bir hastalık olduğunu ve Providence’ın saflarına bir E.V.O. katmakla insanlığa ihanet ettiğini iddia eder. Cain kısa sürede popülerlik kazanır ve kendi özel anti-E.V.O. gücünü kurar. Rex ise insanların kendisini reddetmesi ve ondan nefret etmesi karşısında zorlanır ve onları koruma işini bırakmaya karar verir. Ancak hayalet benzeri, durdurulamaz bir E.V.O. sürüsü Providence’a saldırdığında Rex tekrar müdahale etmeye karar verir. Cain, Rex’e saldırır ve E.V.O.’ları Providence’ın çaresizliğini göstermek için klonladığını açıklar. Rex, Cain’i yener ve insanların kendisi hakkında ne düşündüğünü umursamadığını işini yapmaya devam edeceğini söyler. Bu sırada Providence ile Cain, birlikte hayalet E.V.O.’larla savaşırlar. Cain'in adamları, onları E.V.O.’ları insafına bırakınca adamları onu bırakıp gider.

Dr. Holiday ve bir grup Providence bilim insanı, bir uzay istasyonunda E.V.O.’ları iyileştirecek bir algoritma geliştirmek için deney yapar fakat program yalnızca nanitların kendi kendini yok etmesine yol açar. Bunun üzerine Zag RS istasyonu ele geçirir ve algoritmayı Dünya’daki tüm nanitları yok etmek için kullanmayı amaçlar. Bilim insanları istasyonda rehin tutulurken Rex, uzay asansörüyle oraya ulaşır ve Holiday’e programın Zag RS’nin eline geçmesini engellemesinde yardım eder. Zag RS bir robotun kontrolünü ele geçirir ve istasyon Dünya’ya doğru düşerken bir yandan da Rex ile Holiday’in kaçmasını engellemeye çalışır. Ancak Rex ve Holiday başarılı bir şekilde kaçarlar ve istasyon ise atmosferde yanarak yok olur.

Rex, Circe’den Abysus’ta bir sorun olduğunu söyleyen beklenmedik bir telefon alır. Bunun üzerine Rex, Ajan Altı, Holiday ve Bobo; Abysus’a giderler ve manzaranın bozulmaya başladığını görürler. Circe ve Pack ile karşılaşırlar. Onlar, Van Kleiss’in ölümüyle birlikte nanitlarla dolu Abysus'un çözülmeye başladığını açıklar. Sürecin geri çevrilmesinin tek yolunun Van Kleiss tarafından yapılmış bir makine olduğunu söylerler. Dr. Holiday, Abysus’un çürümesinin devam etmesinin risklerinden bahsedince Rex isteksizce yardım etmeyi kabul eder. Ancak makinenin aslında Van Kleiss’i diriltmek için tasarlandığını fark edince geri adım atar. O sırada oda nanit mürekkebiyle dolar ve herkes boğulma tehlikesi geçirir. Bu, Rex’i makineyi çalıştırmaya ve Van Kleiss’i geri getirmeye zorlar. Van Kleiss, arkadaşlarını kurtarmayı ancak Rex kendisine katılacağına söz verirse kabul eder. Rex istemeden elini sıkar fakat Van Kleiss’in yeni nanitlarının değiştirilmiş olduğunu fark eder ve onu başarıyla iyileştirir. Van Kleiss ve Pack, Değişken aracılığıyla kaçarlar. Circe ise Rex’e ne kadar önem verse de onu sahiplenen tek kişi Van Kleiss olduğu için onu bırakamayacağını söyleyerek gider.

Batı Çin’de dev bir E.V.O. çekirge sürüsü ortaya çıkar ve Pekin’e doğru ilerleyerek milyonlarca insanın hayatını tehdit altına sokarlar. Providence, sürüyü durdurmak için Bleach Protokolü’nü uygular fakat bu girişim çekirgelerin çoğalmasına yol açarak tehdidi kat kat artırır. Dr. Holiday, Rex’in iç çamaşırında bulunan çekirge feromonlarını inceleyerek onların birbirlerini yemesine neden olacak bir kimyasal geliştirir ve sürü yok edilir. Ancak daha sonra Rex’in iç çamaşırı uluslararası televizyonlarda gösterilir ve tehdidin çözümündeki tüm başarı ona atfedilir bu da Rex için büyük bir utanç kaynağı olur.

Rex ve Noah, birbirlerine meydan okuyarak Providence’ın temel eğitimine katılırlar fakat katı ve yorucu disiplin karşısında kısa sürede zorlanırlar. Bu sırada Providence öğrencisi Kenwyn Jones, Rex’in akademideki genel sıralamasını düşürmesinden rahatsız olur. Rekabeti eşitlemek için Kenwyn, eğitimde kullanılan E.V.O.’ların kısıtlama tasmalarını sabote eder ardından E.V.O.’larla savaşmak zorunda kalır ve yaratıklar kontrol edilemez. Kadetler, Rex ve Noah birlikte çalışarak E.V.O.’ları durdurmayı başarırlar. Kenwyn, Rex’ten özür diler. Sonrasında Rex ve Noah akademiden atılırlar.

Kuzey Amerika’da bir E.V.O. virüsü patlak verir ve tüm insanlar derin bir uykuya dalarken E.V.O.’ların bu virüse karşı bağışıklıkları vardır. Dr. Holiday’in (sinirsel elektrik şoklarıyla kendini uyanık tutan) yönlendirmesiyle Rex, hâlâ uyanık kalabilen az sayıdaki Providence ajanından biri olur ve kıtadaki E.V.O. tehditlerini durdurup kimsenin zarar görmemesini sağlamaya çalışır. Dr. Holiday de uykuya daldığında Rex’e, dev bir savaş zırhı içinde bizzat Beyaz Şövalye katılır ve ikisi virüsün kaynağı olan “Sıfırıncı Hasta”ya yaklaşırlar. Beyaz Şövalye, Sıfırıncı Hasta’yı öldürmeye kalktığında Rex ile karşı karşıya gelir ve ikisi savaşır. Beyaz Şövalye, dünyada nanit taşımayan tek saf insan olduğunu ve bu yüzden E.V.O.’ya dönüşemediğini açıklar. Rex, Beyaz Şövalye’yi yener ancak ikisi de virüsten oluşan bir canavarın saldırısına uğrarlar. Rex, canavarın içine girerek Sıfırıncı Hasta’yı iyileştirmeyi başarır ve insanlık uyanır. Daha sonra Rex, kendisiyle Beyaz Şövalye’nin benzediğini ikisinin de biricik olduğunu kabul eder.

Rex’in “doğum günü”nde (Providence’a katıldığı yıl dönümü) Ajan Altı, onunla ilk tanıştığı günü hatırlar. Yıllar önce, Providence’ın ilk dönemlerinde Altı ve Beyaz Şövalye birlikte çalışmaktadır. Meksika’da devasa mekanik bir E.V.O. ile girdikleri savaş sırasında yaratık patlar ve Altı, yumruğunun içinde genç bir Rex bulur. Rex’in E.V.O.’ları iyileştirebildiğini öğrenen Altı, onu gizlice Providence’a götürür ve o dönem araştırma asistanı olan Dr. Holiday’e gösterir. Beyaz Şövalye, Rex’in doğasını keşfettiğinde Rex'i öldürmeleri için emir verir. Altı ile Beyaz Şövalye, Rex yüzünden savaşırlar. Bu sırada Beyaz Şövalye bir makinenin içine sıkışır ve neredeyse ölecektir. Rex son anda makineyi kapatarak onu kurtarır. Sonuç olarak Beyaz Şövalye tüm nanitlarından arındırılmış ama hayatta kalmıştır. Dünyada E.V.O.’ya dönüşemeyecek tek insan olarak Providence’ın başına geçer. Rex’in Providence’ta kalmasına gönülsüzce izin verir fakat Altı’ya, bir gün Rex’in yeniden o dev E.V.O.’ya dönüşme belirtisi göstermesi hâlinde onu öldürmesini emreder. Günümüzde ise Altı, Rex’e bir tantō, yani samuray kılıcı hediye eder. Üzerinde sadakat sembolü bulunan bu kılıcı verirken ikisinin de aynı yolda ilerleyeceğini söyler.

Ajan Altı’nın komuta ettiği büyük bir Providence konvoyu, çölde istikrarsız nanitlar taşıyan bir kasayı taşımaktadırlar. Rex, Bobo ve Noah ise küçük düşürücü bir görevle, tuvalet kâğıtlarını eski püskü bir kamyonla taşımakla, görevlendirilir. Rex ve diğerleri konvoydan ayrıldığında araçlar eksantrik ve kendini anarşist ilan eden Gatlocke adlı bir suçlu ve grubunun saldırısına uğrar. Gatlocke, asıl nanitları konvoyun değil Rex’in kamyonunun taşıdığını fark eder. Gatlocke ve Rex karşı karşıya gelir ve savaşırlar. Bu sırada Rex, Ajan Altı’nın uyarısını hatırlayarak nanitları deniz seviyesinin üzerine çıkarmamaya çalışır çünkü öyle olursa patlayacaklardır. Sonunda Rex, Gatlocke’u yener ve nanitları Ajan Altı’ya teslim eder. Altı ise nanitların zaten etkisiz hale getirildiğini açıklar.

Van Kleiss ve Pack, Dünya’daki tüm büyük Providence tesislerine koordineli bir saldırı düzenlerler. Van Kleiss’in hedefi, Providence’ın hava üssü amiral gemisi Keep’tir. Rex, Noah ve Bobo, Van Kleiss’in Keep’i ele geçirmesini engellemeye çalışırlar ancak Van Kleiss, Rex’i yakalar. Rex onu iyileştirdiğinde geride kalan bazı nanitlar sayesinde onun yeteneklerini öğrenmiş olduğunu açıklar. Ardından Rex’in tüm aktif nanitlarını çalar eski E.V.O. güçlerini geri kazanır ve Rex’i güçsüz bırakır. Biowulf, Rex’i Keep’ten aşağı atar fakat Holiday onu son anda kurtarır. Van Kleiss, Rex’in nanitlarının ona canlıları E.V.O.’ya dönüştürme yeteneği verdiğini keşfeder ve bu gücü kullanarak Keep’in tüm mürettebatını, Kaptan Calan dahil, E.V.O.'lara dönüştürür. Providence merkezinde Holiday, Rex’in hâlâ aktif tek bir naniti olduğunu keşfeder. Dr. Rylander’ın haftalar önce ona enjekte ettiği gizemli ve sınırsız güce sahip Omega-1 Naniti. Van Kleiss, Keep’i Providence merkezine çarptırır ve E.V.O. ordusu tesisi basar. Çaresiz kalan Rex, Purgatory Üssü’ne giderek kendini etkisiz nanitlarla doldurur ve Omega-1’in onları kontrol edeceğini umar. Bu sırada Van Kleiss ve müttefikleri, Ajan Altı ile diğer ajanları alt eder. Fakat Rex, Omega-1’in ürettiği yeni ve çok daha güçlü bir silahla Van Kleiss’i yenmeyi başarır. Van Kleiss kaçmayı başarsa da Rex onu bir dahaki sefere kesin olarak yeneceğine emindir.

Providence merkez üssü saldırı sonrası yeniden inşa edilirken Rex, Omega-1 nanitiyle yeni makineler üretmeye çalışır ve Noah’ın evinde kalır. Üssün yeni enerji çekirdeğini taşıyan bir gemi filosu limanda hazırlanırken Van Kleiss ve Pack saldırı düzenler. Rex, Ajan Altı, Holiday, Bobo ve Noah müdahale ederlet ve Van Kleiss’i yenerler. Van Kleiss, Noah’ı dev köpek benzeri bir E.V.O.’ya dönüştürür. Kontrolünü kaybeden Noah şehri tahrip ederek kaçar. Rex, Noah’ı kalıcı olarak E.V.O. hâlinde sıkışıp kalmadan önce iyileştirmek için şehrin sokaklarında peşine düşer. Uzun bir kovalamacanın ardından Rex, Noah’ı iyileştirmeyi başarır. İkili, Van Kleiss’i bir kanalizasyon tünelinde kıstırır ve Rex yeni bir makineyle onu yener. Fakat Van Kleiss bunun sadece bir oyalama olduğunu açıklar. Bu sırada Değişken enerji çekirdeğini çalmıştır ve Van Kleiss kaçar.

Bir araştırma gemisi E.V.O.’ların saldırısına uğrar ve gemi, Büyük Pasifik Çöp Yığını girdabında batar. Bunun üzerine Rex ve Ajan Altı olayı incelemeye giderler. Orada çöplerden oluşmuş devasa bir E.V.O. mercan kayalığı keşfederler. Bu yapıya, insanların onlara bir lanet yüklediğini iddia eden Surge adlı bir E.V.O. liderlik etmektedir. Ajan Altı, batan araştırma gemisinin aslında bir nükleer reaktör taşıdığını ve müdahale edilmezse reaktörün patlayıp bütün mercan kayalığını yok edeceğini açıklar. Rex ve Surge, okyanustaki derin bir hendeğe dalarak reaktörü tam zamanında devre dışı bırakırlar. Surge’ün yardımına karşılık olarak Rex ve Ajan Altı, onun mercan kayalığının varlığını dünyadan gizli tutmayı kabul ederler.

Rex ve Bobo, Sonoran Çölü’nde düzenlenen büyük bir partiden haberdar olurlar ve orada E.V.O.’ların eğlence unsuru olarak kullanıldığını öğrenirler. Beyaz Şövalye onları araştırma için gönderir. Yanlarında yeni mezun olmuş Kenwyn Jones da vardır. Fakat Rex ve Kenwyn farklı araştırma tarzlarına sahip oldukları için kısa sürede anlaşmazlığa düşerler. Partide birilerinin E.V.O.’lara saldırıp onları aşırı güçlendirdiğini keşfederler. Bunların arasında Rex’in Hong Kong’daki eski arkadaşı Skwydd da vardır. Ortak çalışmaları sonucunda Rex ve Kenwyn, suçluların bir insan–E.V.O. ikilisi olduğunu ortaya çıkarırlar. Bu ikili, insanlarla E.V.O.’ların “karışmaması” gerektiğini göstermek için tüm partiyi yok etmeyi planlamaktadırlar. Rex, Bobo ve Kenwyn birlikte kadını ve E.V.O.’yu alt ederler. Ardından Rex ve Kenwyn, gelecekte birlikte çalışmaktan memnuniyet duyabileceklerini kabul ederler.

Rex gizli bir göreve, Van Kleiss ve Pack’i (aralarında Circe’nin de bulunduğu grubu) gözetlemek üzere gönderilir. Grup, Böcek Kavanozu’na gidip Yüzsüz ile anlaşma yapmayı planlamaktadır. Rex, görevi bırakıp Circe’ü kendi tarafına çekmeye çalışır. İkisi savaşırken Circe, Van Kleiss’in Rex’in hayatta kalmasını istediğini ve onun giderek güçlenen yeni yeteneklerinde hâlâ ihtiyacı olan bir şey bulunduğunu söyler. Rex, Pack tarafından yakalanır ve Yüzsüz’ün önüne çıkarılır. Yüzsüz, geçmişte yaşadığı küçük düşürülmenin intikamını almak için Rex’i öldürmek ister. Bu durum, Rex’i gerçekten önemseyen Circe’ü dehşete düşürür çünkü onun zamansız ölümünden sorumlu olmak istemez. Yüzsüz onu öldürmek üzereyken Van Kleiss araya girer ve ikisi savaşmaya başlar. Çatışma sırasında Van Kleiss ve Pack kaçar, Circe’ü geride bırakırlar. Bunun üzerine Rex, Bobo ve Circe; Böcek Kavanozu’ndan ayrılırlar. Circe artık geri dönebileceği bir yer olmadığını fark eder ve Rex ona Hong Kong’a gidip Cricket, Skwydd ve Tuck ile yaşamasını önerir.

Rex, başka bir tavşan E.V.O.’yu durdurduktan sonra Bobo’da bir gariplik olduğunu fark eder. Bobo olağan dışı bir şekilde kibar davranmaya ve hatta Providence’ta işlere yardım etmeye başlamıştır. Ajan Altı ve Holiday, Rex’in endişelerini önemsemezler. Holiday, Bobo’nun E.V.O.’ya dönüşmeden önce hastanelerde hasta çocukları eğlendirdiğini söyler. Rex şüphelenmeye devam eder ve aslında bu Bobo’nun bir robot olduğunu keşfeder. Bu robot, gerçek Bobo’nun Providence’tan uzak kalabilmek için yaptığı bir oyundur. Rex, Robo Bobo’ya “gerçek” Bobo gibi davranmayı öğretmeye çalışır ancak bu girişim kaosa yol açar. Gerçek Bobo geri döner ve Robo Bobo’yu yok eder. Ajan Altı ise robotun kötü niyetli bir dâhi tarafından yapılmış olduğuna ikna olur.

Rex, Ajan Altı’nın liderlik ettiği güçlü bir insan grubunca kaçırılır ve uzak bir adaya götürülür. Altı, adını dünyanın en tehlikeli altıncı adamı olmasından aldığını ve diğerlerinin ikinci (Dos), üçüncü (Trey), dördüncü (IV) ve beşinci (Five) en tehlikeli adamlar olduğunu açıklar. Liderleri, yani “Bir” lakaplı dünyanın en tehlikeli adamı ise E.V.O.’ya dönüşmüştür ve onu kurtarması için Rex’e ihtiyaç duyarlar. Rex, Bir’i iyileştirmeyi dener fakat onun tedavi edilemez olduğunu fark eder. Bunun üzerine diğerleri Bir’i öldürmeye kalkarlar. Altı ve Rex, Bir’i savunurlar ve Rex bir kez daha iyileştirmeyi dener. Bu sırada Bir, Rex üzerinden Altı ile iletişim kurar ondan gurur duyduğunu söyler ve huzur içinde ölür. Altı ve Rex Providence’a dönerken Altı, dünyadaki en tehlikeli adam olma fikrinden vazgeçmesinin tek sebebinin Rex olduğunu kabul eder.

Bir denizyıldızı benzeri E.V.O. ile savaş sırasında Rex aniden güçlerini kontrol edemez hale gelir ve tuhaf, tanımlanamayan makineler yapmaya başlar. Providence merkezinde bu makineleri bir araya getirerek büyük bir yapı oluşturur bu yapı ise bir kuvvet alanı yaratır. Tam bu sırada gizemli bir adam merkeze sızar, Rex’i serbest bırakır ve kendisini Rex’in ağabeyi Caesar Salazar olarak tanıtır. Caesar, Rex’i Providence’tan uzaklaştırır ve geçmişini açıklar: Caesar, Rex’in anne babası Rafael ve Violetta ile birlikte orijinal Nanit Projesi’nde çalışan bilim insanlarıdır. Nanit Olayı sırasında anne babaları hayatını kaybetmiş, Caesar ise beş yıl sonrasına gönderilmiştir. Bu da Rex’in hayatındaki yokluğunu açıklar. Caesar, Rex’i Abysus’a götürür fakat orada Van Kleiss saldırır ve onu tanır. Rex ve Caesar kaçmayı başarırlar. Caesar, üstün bilimsel bilgisini kullanarak Providence’ın denizyıldızı E.V.O.’yu yenmesine yardım eder. Beyaz Şövalye, Caesar’ı değerli bir kaynak olarak görüp bilim insanı olarak işe alır. Ancak Ajan Altı ona güvenmez ve temkinli kalır.

Beyaz Şövalye, Rex ve Bobo’yu Güney Amerika’ya gönderir. Burada Providence karakollarına saldırıp içerideki E.V.O.’ları serbest bırakan Yeşil Yumruk adlı sözde bir kötü örgütle ilgilenmeleri gerekir. Rex, Yeşil Yumruk'un lideri Valentina ile karşılaşır. Valentina, aslında pro-E.V.O. bir grup olduklarını ve E.V.O.’ların özgür olması gerektiğini savunur. Bu sırada kedi benzeri güçlü bir E.V.O., Rex ve birçok Providence ajanına ölümcül bir zehir enfekte eder. Holiday, bunun ancak E.V.O.’nun DNA örneğiyle tedavi edilebileceğini söyler. Rex ve Valentina birlikte çalışarak yaratığı yakalarlar. Rex şaşkınlıkla bunun aslında bir E.V.O. değil, kurgusal olduğu düşünülen nadir bir egzotik yaratık, yani bir chupacabra olduğunu keşfeder. Rex, DNA örneğini toplar ve Holiday bir tedavi sentezler. Rex ise Valentina’nın kaçmasına izin verir.

Noah, Claire’ı etkilemek için onu, Annie’yi ve Rex’i bir korku filmine götürür fakat bu yalnızca Claire ve Annie’nin korkudan Rex’e sarılmasına yol açar. Bu da Noah’ın kıskanmasına neden olur. Noah’ı mutlu etmek isteyen Rex ve Caesar, terk edilmiş bir otelde “perili ev” oyunu kurarlar ve kızları korkutmaya çalışırlar. Ancak oteli keşfederken Rex, otelin gerçekten görünmez, bulut benzeri bir E.V.O. kedi tarafından “perili” olduğunu fark eder. E.V.O., Noah ve klostrofobisi olan Claire’ı bir asansörün içine hapseder. Noah, Claire’ı sakinleştirmeye çalışır. Bu sırada Rex ve Annie, E.V.O.’yu alt edip iyileştirirler ve ardından Noah ile Claire’i serbest bırakırlar. Claire ve Noah neredeyse öpüşecek gibi olurlar fakat tam o sırada Caesar ortaya çıkar. Claire ve Annie, Caesar’ın icatlarıyla ilgilenmeye başlarlar bu da Noah’yı daha da hayal kırıklığına uğratır.

Rex, eski Providence ajanları Rombauer ve Lansky’nin New York’ta küçük çaplı bir E.V.O. yakalama işi yürüttüklerini öğrenir. Onlara katılan Rex, kısa sürede dikkatleri üzerine çeker ve yerel ün kazanır. Bu durum Rombauer ve Lansky’nin kıskanmasına yol açar. Tam o sırada şehre mor kristallerle binaları kaplayan kurbağa benzeri bir E.V.O. saldırıya geçer. Rex, Rombauer ve Lansky; Providence ile birlikte çalışarak yaratığı alt ederler ve şehir halkını kristallerden kurtarırlar. Görev tamamlandıktan sonra Rex, Rombauer ve Lansky’yi kendi işlerine bırakır.

Noah, Rex’i kendi lisesine kaydolmaya ikna eder çünkü masa tenisi turnuvasında rakip okul Doğu Yakası Lisesi’nin takımında güçlü E.V.O. ikizler vardır. Rex ve Noah turnuvada ilerleyerek şampiyonluk maçında ikizlerle karşılaşırlar. Maç sırasında babaları onların nanitlarını aşırı güçlendirir ve ikizler kontrolden çıkarlar. Rex onları kurtarmayı başarır. İkizler, babalarına aslında piyano çalmak istediklerini söyler ve babaları bunu kabul eder. Ancak maç sırasında çıkan büyük yıkım nedeniyle Rex turnuvadan men edilir ve Noah’ın lisesinden atılır.

Çölde büyük bir fırtınanın ortasında gizemli bir nanitsız bölge ortaya çıkar. Rex araştırma için gönderilir ve Van Kleiss ile Pack’in de orada oluğunu görür. Rex ve Van Kleiss yerin altına çekilirler ve geçici olarak iş birliği yaparak bu bölgenin kaynağını araştırmaya karar verirler çünkü Van Kleiss, bu alanı kendi E.V.O. varlığına tehdit olarak görür. İlerledikçe nanitların yavaş yavaş yok olduğunu fark ederler ve güçten düşmeye başlarlar. İkisi de ölebileceklerini anlayınca Van Kleiss, Rex’i bilgi karşılığında bilgi paylaşmaya ikna eder. Bu sırada Van Kleiss, Nanit Olayı’ndan Caesar’ın sorumlu olduğunu iddia eder. Rex öfkeyle istemeden kayaların içinde kurulmuş güvenlik sistemini çalıştırır ve tüm bölgenin dev bir devre kartı olduğunu keşfederler. Rex, kaynağın Zag RS olduğunu anlar. Zag RS, uzaydaki önceki karşılaşmalarında hayatta kalmış ve şimdi fırtınayı kullanarak tüm nanitları yok etmeye çalışmaktadır. Van Kleiss, Rex’in Omega-1 nanitının kendini kopyalayarak yeni nanitlar üretebildiğini açıklar. Rex bu bilgiyi kullanarak Zag RS’ye karşı savaşır Van Kleiss ise onu devre dışı bırakır ve ortadan kaybolur. Zag RS Providence’ın eline geçer. Caesar, onu aslında başıboş nanitları yok etmek için tasarladığını ve sesinin ölen Meksikalı anneleri Violetta’ya ait olduğunu açıklar.

Rex ve Caesar, ölen anneleri Violetta’nın memleketi olan Meksika’daki bir köye giderler. Burada, çocukluklarında sık sık ziyaret ettikleri “Abuela” adını verdikleri manevi büyükanneleriyle buluşurlar. Rex, çocukluk arkadaşı Federico ile yeniden görüşür ve köyün belediye başkanı Esteban’ın, Abuela’yı evinden çıkarmaya çalıştığını öğrenir. Daha sonra Rex ve Caesar, Federico’nun ve köydeki bazı kişilerin aslında geceleri kurtadam benzeri biçimlere dönüşen E.V.O.’lar olduğunu keşfederler. Federico köye saldıracak hale gelince Esteban, Abuela’ya ve onun koruması altındaki E.V.O.’lara saldırması için Avcı Cain’i tutar. Rex ve Federico, Cain’i alt etmeyi başarırlar. Caesar ve Rex, Federico ile diğer köylülerin dönüşümlerini kontrol etmelerini sağlayarak onları özgürleştirirler.

Değişken, Van Kleiss’in Quarry ile ilgili önemli bir görevi için Hong Kong'a gider. Circe’ün peşinde olmasından endişelenen Rex onu takip eder fakat Circe ile Skwydd’un sözde romantik bir ilişkide olduklarını görünce rahatsız olur. Bu sırada Değişken, Quarry’yi hapisten çıkararak moleküler destabilizatör adı verilen nadir ve güçlü bir silahı çalmasına yardım eder. Quarry ile Rex karşı karşıya gelirler ve Rex, süper enerjili atomlardan oluşan bir kalkan üreterek onu yenmeyi başarır. Ardından Rex, Değişken ile bir anlaşma yapar: Görevinde başarısız olduğu için Van Kleiss’e hesap vermesi gerekirse suçlamayı üstlenmesi için ona Quarry’yi verecek karşılığında ise Circe’ğn cep boyutundan serbest bırakılmasını ister. Sonunda Circe, Rex’e kendisi ile Skwydd’un sadece arkadaş olduklarını garanti eder.

Dr. Brandon Moses adında bir bilim insanı, tedavi edilemez E.V.O.’lar için bir çare geliştirdiğini iddia eder. Bu haber, kız kardeşi Beverly’yi iyileştirmek isteyen Dr. Holiday’in büyük ilgisini çeker. Holiday, Beverly’yi Moses’a teslim eder fakat Rex, Ajan Altı ve Bobo, Moses’tan şüphelenmeye başlarlar. Kısa süre sonra Moses’ın sözde E.V.O. tedavisinin aslında bir aldatmaca olduğu ortaya çıkar. Moses, tehlikeli E.V.O.’ları toplayıp en yüksek teklifi verene satmakta bunun için de nanitlarını aşırı güçlendiren bir cihaz kullanmaktadır. Rex ve diğerleri Moses ile yüzleşir. Moses, Beverly’yi süper güçlendirir ama Rex, Ajan Altı ve Holiday; cihazı tersine çevirerek süreci geri alır ve Beverly’yi gerçekten iyileştirmeyi başarırlar. Olanların ardından Rex, Holiday’in kendisi için fazla olgun olduğunu fark eder ve Ajan Altı’nın Holiday’e karşı beslediği duyguları açığa çıkarması için onu cesaretlendirir.

Bir haber ekibi Providence merkez üssüne davet edilir. Rex, onları etkilemek ve kameralar önünde şov yapmak için sürekli çabalar. Ancak bir grup E.V.O. tutuldukları yerden kaçınca işler ters gider. Rex yine de onları alt etmeyi başarır. Daha sonra Providence ajanları yayınlanan haberi izlediklerinde programın yalnızca Ajan Altı’ya odaklandığını görürler.

Providence personelinin neredeyse tamamı saha eğitimine çıktığında Noah, Rex’i gizlice bir parti vermeye ikna eder. Ancak partiye gelenler sadece Rex’i “Her Şeyin Değiştiği Gün”de zorbalık yapan kaba bir grup ergendir. Rex, bu gençleri eğlendirmeye çalışırken partiyi Beyaz Şövalye’den gizli tutmaya uğraşır. Bu sırada, kediyi andıran bir E.V.O. ve Pack’in eski üyelerinden biri, tutulduğu yerden kaçarak Rex’e saldırırlar. Fakat Rex, onun tek isteğinin Van Kleiss’ten intikam almak olduğunu anlayınca desteğini kazanır. Kedi E.V.O. daha sonra Providence için çalışmaya başlar. Partinin bedeli olarak Beyaz Şövalye, Rex’i, Noah’ı ve ergenleri ceza niyetine kanalizasyona yollar.

Caesar, Rex’in kayıp anılarını geri getirmek için bir makine kullanmayı dener fakat işler ters gidince Ajan Altı araya girer ve yanlışlıkla son altı yıla ait tüm anılarını kaybeder. Bunun sonucunda Altı, acımasız ve bencil bir paralı asker olan eski kişiliğine geri döner. Yeniden paralı askerlik işlerine başlayan Altı’yı durdurmaya çalışan Rex, ona kim olduğunu hatırlatmaya çalışır. Sonunda Altı, eskiden olduğu kişiye dönme isteğiyle Providence’a geri dönmeyi kabul eder.

Bir savaş sırasında Değişken, göğsündeki bir cihazı kullanarak bir portal açar ve içinden bir Tiranozor Rex ortaya çıkar. Van Kleiss'in, Değişken’in güçlerini kullanarak zamanda yolculuk etmenin yolunu bulduğunu fark eden Rex, onu Providence tarafına çekmeye karar verir ve ikna etmek için gizlice Abysus’a sızar. Değişken, isteksiz de olsa Rex ile birlikte Abysus’tan kaçar. İkili bir süre birlikte vakit geçirir Rex ona Providence’ta kimsenin zarar vermeyeceğine söz verir. Fakat aniden Providence gelir ve Değişken’e saldırır. Kısa süre sonra Van Kleiss de ortaya çıkar ve onun güçlerini devre dışı bırakır. Rex, Van Kleiss ile yüzleşir ve Değişken’den özür dileyerek ona güvendiğini göstermek için güçlerini tekrar aktive eder. Değişken aniden Van Kleiss’i uzaklaştırmaya karar verir fakat cihaz bu sırada kontrolden çıkar. Rex ve Değişken, birbirlerine sarılırken Rex altı ay sonrasına ışınlanır. Şaşkınlık içinde Providence’ın tamamen değiştiğini görür. Altı ve Holiday ayrılmış, Beyaz Şövalye'nin ise bir “düşmanca devralma” girişiminde öldüğü iddia edilmiştir. Caesar, kafası karışmış Rex’i, Beyaz Şövalye’nin eski ofisine götürür. Orada Providence’ın yeni lideri, kendisini “Kara Şövalye” olarak tanıtan gizemli bir kadın Rex’i karşılar ve onum geri dönmüş olduğunu görmekten memnuniyet duyduğunu söyler.

Rex, Kara Şövalye’den altı ay önce yaşananları öğrenir. Değişken ile olan olay sırasında Rex kaybolunca Beyaz Şövalye dengesizleşmiş ve artık onun liderliğine güvenmemeye başlanmıştır. Bunun üzerine Beyaz Şövalye, Rex’in odasına bombalar yerleştirmiş ve bu da intihar girişimi gibi görünmüştür. Kara Şövalye, Rex’in güvenini kazanmak için ona yeni Providence’ın onun yokluğuna nasıl uyum sağladığını gösterir. E.V.O.’ların davranışlarını etkileyen tasmalar geliştirmişlerdir. Rex, Kara Şövalye’ye güvenmez ve araştırma yaptığında bu tasmaların aslında E.V.O.’ları kendi iradelerine karşı onları kontrol etmek için kullanıldığını keşfeder. Ayrıca Caesar’ın da bu tasarımlara yardım ettiğini öğrenir. Rex, Caesar’ın makinesini yok eder ve Providence’tan kaçmaya çalışır ancak iki ajan tarafından yakalanır. Kısa süre sonra bu ajanların aslında Ajan Altı ve Holiday olduğu ortaya çıkar. İkili, Providence’a karşı kendi gizli üslerinde karşı operasyon kurmuştur. Beyaz Şövalye’nin de ölümünü sahnelediği anlaşılır. Yeniden bir araya gelen ekip, Yeni Providence’a karşı gizli bir savaşa hazırlanmaya başlarlar.

Rex, performans artırıcı nanitlar kullanan bir grup motosiklet yarışçısıyla arkadaş olur. Bu nanitaer onların sağlığını olumsuz etkilemektedir. Nanit ticaretini sona erdirmek isteyen Rex, kaynağına ulaşır ve “motosiklet gurusu” Valve adlı kişiye ulaşır. Valve, nanitların kaderini belirlemek için Rex’i bir yarışa davet eder. Bu sırada Rex, aynı anda birden fazla makine ortaya çıkaramadığını Ajan Altı’ya itiraf eder. Altı bunun zihinsel bir blokaj olduğunu fark eder ve Rex’i bunu aşması için cesaretlendirir. Yarış sırasında Rex gerçekten de aynı anda iki makineyi ortaya çıkararak bu engeli aşar ve Valve’i yenmeyi başarır.

Manhattan’da gizemli bir portal açılır ve Ben 10: Ultimate Alien’dan on altı yaşındaki Benjamin Kirby Tennyson, İnsanazor formunda Rex’in evrenine düşer. Rex, onu bir E.V.O. sanarak savaşır. Aynı anda portaldan mekanik bir varlık kaçar ve Ajan Altı’ya saldırarak onu komaya sokar. Rex, Altı’nın yaralanmasından Ben’i sorumlu tutar ve onu yakalar. Ben kaçar ve kendi dünyasında olmadığını anlar. İkili, isteksizce de olsa birlikte hareket etmeye karar verir tam o sırada Caesar gelir. Caesar, portaldan kaçan varlığın Alpha olduğunu açıklar. Alpha, Nanit Projesi sırasında nanitların kendilerini kontrol etmesini sağlamak amacıyla geliştirdiği bir prototip yapay zekâdır. Alpha, bilinç kazandığında canlıları özümsemeye kalkışmıştır. Bunun üzerine Caesar, ona zarar vermesin diye boş bir boyuta gönderecek bir cihaz yapmıştır. Ancak Ben, bunun aslında Null Void olduğunu fark eder. Null Void, uzaylı suçlular için kullanılan bir cep boyutudur. Böylece Caesar’ın yaptığı, Alpha’yı oraya yollayarak hem Ben’in kendi evreninden çıkmasına hem de Rex’in evrenine geçmesine neden olmuştur. Alpha, giderek daha fazla canlıyı özümseyerek güçlenir. Sonunda Alpha; Rex, Ben ve Beyaz Şövalye, tüm E.V.O. sakinlerini özümsemiş hâliyle karşısına çıkar. Alpha, Rex’in Omega-1 nanitını çalar fakat Ben ve Rex birlikte hareket ederek onu geri alırlar ve Alpha’yı yok ederler. Alpha yoğun bir küre içine hapsedilir ve Ben onu Null Void’e geri götürür. Ajan Altı komadan çıkar. Rex ise Ben’i bir daha görüp göremeyeceğini merak eder.

Manhattan’da gizemli bir portal açılır ve Ben 10: Ultimate Alien’dan on altı yaşındaki Benjamin Kirby Tennyson, İnsanazor formunda Rex’in evrenine düşer. Rex, onu bir E.V.O. sanarak savaşır. Aynı anda portaldan mekanik bir varlık kaçar ve Ajan Altı’ya saldırarak onu komaya sokar. Rex, Altı’nın yaralanmasından Ben’i sorumlu tutar ve onu yakalar. Ben kaçar ve kendi dünyasında olmadığını anlar. İkili, isteksizce de olsa birlikte hareket etmeye karar verir tam o sırada Caesar gelir. Caesar, portaldan kaçan varlığın Alpha olduğunu açıklar. Alpha, Nanit Projesi sırasında nanitların kendilerini kontrol etmesini sağlamak amacıyla geliştirdiği bir prototip yapay zekâdır. Alpha, bilinç kazandığında canlıları özümsemeye kalkışmıştır. Bunun üzerine Caesar, ona zarar vermesin diye boş bir boyuta gönderecek bir cihaz yapmıştır. Ancak Ben, bunun aslında Null Void olduğunu fark eder. Null Void, uzaylı suçlular için kullanılan bir cep boyutudur. Böylece Caesar’ın yaptığı, Alpha’yı oraya yollayarak hem Ben’in kendi evreninden çıkmasına hem de Rex’in evrenine geçmesine neden olmuştur. Alpha, giderek daha fazla canlıyı özümseyerek güçlenir. Sonunda Alpha; Rex, Ben ve Beyaz Şövalye, tüm E.V.O. sakinlerini özümsemiş hâliyle karşısına çıkar. Alpha, Rex’in Omega-1 nanitını çalar fakat Ben ve Rex birlikte hareket ederek onu geri alırlar ve Alpha’yı yok ederler. Alpha yoğun bir küre içine hapsedilir ve Ben onu Null Void’e geri götürür. Ajan Altı komadan çıkar. Rex ise Ben’i bir daha görüp göremeyeceğini merak eder.

Noah, Rex’in en sevdiği dizisinin çekildiği bir televizyon stüdyosunda iş bulur. Rex hemen dizinin oyuncularıyla arkadaş olmaya çalışır ve onların bir E.V.O. sorunuyla uğraştığını keşfeder: Bir firavun faresi. Bu hayvanın zamanında yıldız olduğu ancak programının iptal edilip yerini bu diziye bıraktığı ortaya çıkar. Rex sonunda firavun faresini iyileştirmeyi başarır. Rex, Noah’ın stüdyo kıyafetini giydiği için kahramanlık Noah’ın üzerine kalır. Bunun sonucunda Noah diziyi kurtaran kişi olarak övülür ve başrol kadın oyuncuyla bir sahnede öpüşme şansı elde eder. Bu durum Rex’in büyük kıskançlık duymasına yol açar.

Rex, Ajan Altı ve Bobo, Dr. Holiday’nin yeni keşfedilen bir antik mezarı araştırmakta olduğu Kahire kentine giderler. Mezardaki hiyeroglifler nanitları tasvir ediyormuş gibi görünür. Kara Şövalye de mezarı keşfeder ve burada mumyalanmış firavun Gharun Set ile karşılaşırlar. Gharun Set canlanır, aslında bir E.V.O. olduğunu ve İngilizceyi “Büyük Baba”dan öğrendiğini açıklar. Ardından mezarından kaçar ve yerin altına gömülü bir dizi teknolojik piramidi yeniden aktive eder. Bu piramitler Kahire’nin dört bir yanından yükselmeye başlar. Gharun Set ayrıca Büyük Sfenks’i yıkar. Bu yapının aslında dev iki başlı bir kedi E.V.O.’nun mezarı olduğu ortaya çıkar ve Gharun Set onu da diriltir. Sfenks’in altında ise Holiday ve Kara Şövalye, efsanevi Kayıtlar Salonu’nu bulurlar. İçeride modern nanit teknolojisi vardır. Rex, Kahire’yi ele geçirmeye çalışan Gharun Set ile yüzleşir fakat onun teknolojisinin çok eski olduğu ve artık çalışmadığı anlaşılır. Diriltilen Sfenks ölür. Gharun Set ise “yalanlarla dolu” bir dünyada E.V.O.’ların yerinin olmadığını söyleyerek ve Büyük Baba’nın kendisine Rex’ten bahsettiğini dile getirerek hayatını kaybeder. Olaylardan sonra Kara Şövalye Kayıtlar Salonu’nu yok eder. Ancak aynı zamanda Van Kleiss’i tasvir eden bir hiyeroglif resmini ele geçirdiği ortaya çıkar.

Rex, devasa bir bitki E.V.O.’su ile savaşırken gözlüğünü kaybeder. Gözlüğünün tek ve özel olduğunu düşündüğü için onu geri almak için uğraşır.

Rex, Noah’a şaka yapmayı planlar ve bu konuda Bobo’dan yardım ister. Ancak işler kontrolden çıkar ve yapılan bir şaka tüm şehri tehlikeye atar.

Rex ve müttefikleri, Providence’ın Nanit Projesi’ni yeniden başlatmaya çalıştığını Beyaz Şövalye’den öğrenir. Nedenini bilmedikleri için Providence merkezine karmaşık bir sızma operasyonu düzenlerler. Rex, her şeye rağmen Caesar’ın bu projeye yardım etmemesi konusunda ısrarcıdır. Bu sırada Beyaz Şövalye ofisine ulaşıp zeminin altına gizlenmiş bir nesneyi alır fakat Kara Şövalye ile karşı karşıya gelir ve ikili çatışır. Rex ise plandan saparak Caesar ile konuşmaya gider. Caesar, yeni Nanit Projesi’nin başında olduğunu ve Dr. Gabriel Rylander’ı, Van Kleiss’in dirilişine benzer bir yöntemle hayata döndürmeye çalıştığını açıklar. Caesar ayrıca, dünyayı “kurtarmak” adına Nanit Olayı’na kendisinin sebep olduğunu itiraf eder. Bu itiraf Rex’i dehşete düşürür ve Van Kleiss’in “Kumda Yazılı” bölümünde söylediği sözleri doğrular. Rex ve diğerleri Providence’tan kaçmayı başarır. Beyaz Şövalye, çaldığı nesnenin bir Meta-Nanit olduğunu açıklar. Meta-Nanitlar, gerçeğin dokusunu kontrol edebilen şifreler içerir. Nanit Projesi’nin ilk finansörleri olan Kurul, tanrısal güçler elde etmek için bu Meta-Nanitları kendi bedenlerine yerleştirmeyi planlamıştır. Rex, Caesar’ın Nanit Olayı’nı çıkarmasının asıl nedenini fark eder: Meta-Nanitları dünyaya yaymak ve Kurul'un onlara ulaşmasını engellemek. Beyaz Şövalye, artık durumun tamamen değiştiğini söyler. Kara Şövalye’nin, beş Usta-Kontrol Nanitını ele geçirerek hem kendi gücünü hem de Kurul’un gücünü artırmasını mutlaka engellemeleri gerektiğini vurgular.

Rex ve Noah, İngiltere’deki jeoloji konferansını bir rock festivali sanıp dönüş yolunda Fitzy Feakins adında insan görünümlü bir E.V.O. ile karşılaşırlar. Fitzy, çevresindeki tüm E.V.O. güçlerini etkisiz hâle getirebilmektedir ve bu da Rex’i tamamen güçsüz bırakır. Providence, Fitzy’yi ele geçirmek için onları amansızca kovalar fakat Rex ve Noah onları alt edip Fitzy’ye bir milkshake dükkânında iş bulurlar. Fitzy’nin ele geçirilememesi üzerine Kara Şövalye, Rex’e karşı artık çok daha sertleşmeleri gerektiğini söyler.

Providence, Rex’in Hong Kong’daki arkadaşlarını yakalar. Circe kaçar ve Rex ile iletişime geçer. Beyaz Şövalye, Providence’ın Van Kleiss’in Abysus’taki harap kalesinde bulunan ikinci Meta-Nanit’ı hedef aldığını açıklar ve Circe’den bu görevi yönetmesini ister. Abysus’ta Rex ve Circe, Van Kleiss’in yokluğunda kontrolü ele almış olan Biowulf ile karşılaşırlar. Biowulf, isteksizce de olsa Meta-Nanit’ı almalarına izin verir. Tam o sırada Providence büyük bir kuşatma başlatır. Rex ve E.V.O.’lar saldırıyı püskürtür fakat Providence kaleyi temellerinden koparıp kaldırır. Circe, Rex’i güvenliğe itmeden önce onu öper ardından Providence tarafından yakalanır. Rex ise Meta-Nanit’ı Providence karşıtı ekibe götürür.

Hong Kong’da Rex, Quarry’nin Providence’ın Kara Piyonları’ndan çaldığı bir uzaktan kumanda kullandığını öğrenir. Bu cihaz, Rex’in çocukluk arkadaşları Tuck, Skwydd ve Cricket’ı yeniden ona düşman hâline getirmektedir. Olaylar daha da kötüleşirken Quarry geri döner ve işler iyice karmaşıklaşır.

Van Kleiss’in aslında geçmişe, Mısır’ın Eski Krallık dönemine gönderildiği ortaya çıkar. Burada Gharun Set’i ve Sfenks’i yaratır ayrıca Kayıtlar Salonu’ndaki teknolojiyi de kendisini kendi zamanına döndürmenin bir yolu olarak tasarlar. Ancak Van Kleiss, peşine düşen gizemli bir güç tarafından kovalanmaktadır. Bu varlığın, fiziğin yasalarına aykırı olduğu için kendisini yok etmeye çalışan “zaman-mekânın antikoru” olduğuna inanır. Onun elinden kurtulmayı başarır ve bir tür zaman makinesine benzeyen cihaza girer. Yüzyıllar sonra, MS 2. yüzyılda uyanır ve Romalı askerler tarafından yakalanır. Antik Roma’daki Kolezyum’a götürülür burada İmparator Septimius Severus’un gözünde tanrı mertebesine yükselir. Ardından cihazını onarır ancak gizemli varlık peşini bırakmadığı için çaresizce çağlar boyunca sıçrayarak eve dönmeye çalışır. Günümüzde Rex, Van Kleiss’in izini Paris’te bulur ve cihazın aslında bir zaman makinesi değil, nanitlarını koruyan bir saklama haznesi olduğunu öğrenir. Bu yüzden Van Kleiss, geçen her saniyenin bilincindedir. Rex onu makineden çıkarır ve gizemli varlıkla yüzleşir. Onun aslında, Van Kleiss’in kendisine bağladığı cihaz yüzünden onunla birlikte zamanda sürüklenen Değişken olduğu ortaya çıkar. Rex cihazı yok eder Değişken ortadan kaybolur. Yaşadıklarının etkisiyle akıl sağlığını yitirmiş gibi görünen Van Kleiss ise Providence tarafından ele geçirilir. Kara Şövalye yanına gelir ve kim olduğunu bilip bilmediğini sorar. Van Kleiss ise bildiğini fakat aradan çok uzun zaman geçtiğini söyler.

Rex, Circe’ü Providence’tan kurtarır fakat onun garip davranışları Ajan Altı’nın dikkatini çeker. Daha sonra Rex, “kız arkadaşının” aslında John Korkuluk adında şekil değiştirebilen bir E.V.O. olduğunu öğrenir. John, Kara Şövalye’nin emriyle Providence’a sızarak Rex’in grubunun elde ettiği iki Usta-Kontrol Nanit'ı hakkında bilgi toplamaya çalışmaktadır. Bu durum Rex’i gerçek Circe’ün nerede ve nasıl olduğuna dair endişelendirir. Hapishane hücresinde ise gerçek Circe'ün dışarıyı görebildiği ima edilir. Bu deneyim, Rex’in en yakın dostlarıyla gerçekten tek yürek olup olmadığını sorgulamasına yol açar.

Rex, ölen babası Rafael’in memleketi Arjantin’de bir çiftliğin miras kaldığını öğrenir. Noah, Claire ve sakar Annie ile birlikte çiftliği görmeye giderler. Ancak bu aile gezisinin ardında daha fazlası vardır. Salazar çiftliğinin altındaki gizli laboratuvarda Rex, çocukluk yıllarına ait bir aile videosu bulur. Videoda babası Rafael, nanitların dünyayı değiştireceğini ve günün birinde Rex ile Cesar’ın da bunu göreceğini anlatmaktadır. Kamerayı ise annesi Violetta tutmuştur.

Geçmişte taşlaştırılmış hâlde bırakılan “Nightshade” adlı kedi E.V.O. geri döner ve Rex ile Ajan Altı’ya, Kara Şövalye’nin Nanit Projesi’ni finanse eden ve tanrısal güçler elde etmek isteyen Kurul’un beş patronunu bulmaları için yardım eder. Rex, Usta-Kontrol Nanitlar'ından biriyle zihinsel bağ kurmayı başarır ve merkezde bir diğerini de keşfeder. Burada kısmen yeniden diriltilmiş Dr. Rylander ile karşılaşır. Rex, bunun anne babaları Rafael ve Violetta için de yapılabileceğini umut eder fakat Cesar bunun imkânsız olduğunu söyler. Cesar, Nanit Projesi’ni yeniden başlatmanın doğru bir şey olduğunu savunsa da Rex artık ona güvenmez. Rylander, Cesar’ın Rex’e önemli bir bilgi vermesi gerektiğini ima eder fakat Kara Şövalye ortaya çıkınca bu gerçekleşemez.

Avcı Cain, Gatlocke, Yüzsüz ve Valve, Rex’i alt etmek için güçlerini birleştirirler. Bu sırada Rex dünyaya dağılmış çok sayıda E.V.O.’yu tedavi eder ancak bu durum sistemini fazla nanit ile doldurur ve onu zayıf düşürür. Sonunda bütün bu planın Rex’i oyalamak için yapıldığı anlaşılır. Kara Şövalye, bu süreçte kayıp Meta-Nanitlardan birini ele geçirmiştir. Rex, artık doğrudan saldırı zamanı geldiğini ilan eder.

Rex, bir müzik grubunun güvenlik görevlisi olur. Görevi, grubu takıntılı hayranları Sebastian’dan korumaktır. Sebastian, grubun değişmesinden öfkelenen ve üstelik kendi kendini çoğaltabilen bir E.V.O.’dur. Dr. Holiday’in daha önce tedavi ettiği kız kardeşi Beverly de bu bölümde görünür.

Kara Şövalye, Providence’tan ayrılan grubun üssüne saldırarak kalan iki Meta-Nanit’ı ele geçirmeye çalışır. Rex ile yüzleştiğinde kendisinin de Rex gibi bir E.V.O. olduğunu açıklar. Nanit Projesi sırasında denek olmuş ve Rex’ten sonra geliştirilmiş bir “üst sürüm” olarak E.V.O.’ya dönüşmüştür. Providence, Rex ve ekibini ele geçirir ancak Van Kleiss, Rex’in içinde beşinci ve son Meta-Nanit’ın bulunduğunu söyleyerek Kara Şövalye’nin onu öldürmesini engeller. Rex, Abysus’taki laboratuvara götürülür. Burada Caesar, Meta-Nanit’ı güvenle çıkarmanın tek yolunun onu Kurul ile birlikte makineye koymak olduğunu açıklar. Kurul üyeleri ve Rex makineye girer, Kara Şövalye de onları tehdit ederek sürece dahil olur. Sonuç olarak Meta-Nanitlar Kara Şövalye ve Kurul üyeleri arasında bölünür ve hepsi olağanüstü güçlere sahip E.V.O.’lara dönüşür. Sonuçtan memnun kalmayan Kurul öfkelerini Rex’ten çıkarmak isterler. Ancak Beyaz Şövalye geri döner ve Providence, Rex’i kurtarır. Kurul üyeleri, elde ettikleri yeni güçlerle dünyaya kaos yaymaya başlarlar. Bu tehdit karşısında Ajan Altı, Rex’e tam biyomekanik E.V.O. formunu gösterir. Bu form Kurul'u durdurabilecek kadar güçlüdür fakat hafızasını kaybetme riski vardır. Uzun düşünceler sonrası Rex, Kurul’un karşısına çıkar. Kurul, Meta-Nanitlar'ın gücünü tamamen elde etmek için deneyi yeniden başlatmaya çalışır. Rex tam formuna girer yenilir fakat hafızasını kaybetmez. Bu sırada Van Kleiss, Kurul'a ihanet eder. Aklını hep koruduğunu ve Meta-Nanitlar'ın gücünü en başından beri kendisi için istediğini açıklar. Ardından Rex’in anne babasını, onu durdurmaya çalıştıkları için öldürmüş olabileceğini ima eder. Süreci aktive eder fakat başarısız olur ve kolunu kaybeder. Caesar, anne babalarının Meta-Nanitları yalnızca Rex’in kullanabileceği şekilde programladığını açıklar. Böylece Rex tüm Meta-Nanitları özümser ve sınırsız güç kazanır. Rex, dünyadaki bütün E.V.O.’ları bir anda iyileştirir ardından bu gücü kötüye kullanmamak için Meta-Nanitları kalıcı olarak devre dışı bırakır. Olayların ardından Providence, çalışmalarına devam eder. Caesar, Gabriel Rylander ve Peter Meecham yeni bir proje üzerinde çalışmaya başlarlar. Rex, Circe ve arkadaşlarıyla yeniden buluşur. Hepsi insan hâllerine geri dönmüştür. Kara Şövalye ve Kurul bilinmeyen bir yere kaçarlar. Değişken ise Van Kleiss ve Pack’i portallarıyla götürür. Seri, Rex’in Providence için çalışmaya devam etmesiyle, yeryüzündeki son ve en güçlü E.V.O. olarak Dünya’yı koruma görevini üstlenmesiyle sona erer.

Kara Şövalye, Providence’tan ayrılan grubun üssüne saldırarak kalan iki Meta-Nanit’ı ele geçirmeye çalışır. Rex ile yüzleştiğinde kendisinin de Rex gibi bir E.V.O. olduğunu açıklar. Nanit Projesi sırasında denek olmuş ve Rex’ten sonra geliştirilmiş bir “üst sürüm” olarak E.V.O.’ya dönüşmüştür. Providence, Rex ve ekibini ele geçirir ancak Van Kleiss, Rex’in içinde beşinci ve son Meta-Nanit’ın bulunduğunu söyleyerek Kara Şövalye’nin onu öldürmesini engeller. Rex, Abysus’taki laboratuvara götürülür. Burada Caesar, Meta-Nanit’ı güvenle çıkarmanın tek yolunun onu Kurul ile birlikte makineye koymak olduğunu açıklar. Kurul üyeleri ve Rex makineye girer, Kara Şövalye de onları tehdit ederek sürece dahil olur. Sonuç olarak Meta-Nanitlar Kara Şövalye ve Kurul üyeleri arasında bölünür ve hepsi olağanüstü güçlere sahip E.V.O.’lara dönüşür. Sonuçtan memnun kalmayan Kurul öfkelerini Rex’ten çıkarmak isterler. Ancak Beyaz Şövalye geri döner ve Providence, Rex’i kurtarır. Kurul üyeleri, elde ettikleri yeni güçlerle dünyaya kaos yaymaya başlarlar. Bu tehdit karşısında Ajan Altı, Rex’e tam biyomekanik E.V.O. formunu gösterir. Bu form Kurul'u durdurabilecek kadar güçlüdür fakat hafızasını kaybetme riski vardır. Uzun düşünceler sonrası Rex, Kurul'un karşısına çıkar. Kurul, Meta-Nanitlar'ın gücünü tamamen elde etmek için deneyi yeniden başlatmaya çalışır. Rex tam formuna girer yenilir fakat hafızasını kaybetmez. Bu sırada Van Kleiss, Kurul'a ihanet eder. Aklını hep koruduğunu ve Meta-Nanitlar'ın gücünü en başından beri kendisi için istediğini açıklar. Ardından Rex’in anne babasını, onu durdurmaya çalıştıkları için öldürmüş olabileceğini ima eder. Süreci aktive eder fakat başarısız olur ve kolunu kaybeder. Caesar, anne babalarının Meta-Nanitları yalnızca Rex’in kullanabileceği şekilde programladığını açıklar. Böylece Rex tüm Meta-Nanitları özümser ve sınırsız güç kazanır. Rex, dünyadaki bütün E.V.O.’ları bir anda iyileştirir ardından bu gücü kötüye kullanmamak için Meta-Nanitları kalıcı olarak devre dışı bırakır. Olayların ardından Providence, çalışmalarına devam eder. Caesar, Gabriel Rylander ve Peter Meecham yeni bir proje üzerinde çalışmaya başlarlar. Rex, Circe ve arkadaşlarıyla yeniden buluşur. Hepsi insan hâllerine geri dönmüştür. Kara Şövalye ve Kurul bilinmeyen bir yere kaçarlar. Değişken ise Van Kleiss ve Pack’i portallarıyla götürür. Seri, Rex’in Providence için çalışmaya devam etmesiyle, yeryüzündeki son ve en güçlü E.V.O. olarak Dünya’yı koruma görevini üstlenmesiyle sona erer.