Kara Şövalye, Providence’tan ayrılan grubun üssüne saldırarak kalan iki Meta-Nanit’ı ele geçirmeye çalışır. Rex ile yüzleştiğinde kendisinin de Rex gibi bir E.V.O. olduğunu açıklar. Nanit Projesi sırasında denek olmuş ve Rex’ten sonra geliştirilmiş bir “üst sürüm” olarak E.V.O.’ya dönüşmüştür. Providence, Rex ve ekibini ele geçirir ancak Van Kleiss, Rex’in içinde beşinci ve son Meta-Nanit’ın bulunduğunu söyleyerek Kara Şövalye’nin onu öldürmesini engeller. Rex, Abysus’taki laboratuvara götürülür. Burada Caesar, Meta-Nanit’ı güvenle çıkarmanın tek yolunun onu Kurul ile birlikte makineye koymak olduğunu açıklar. Kurul üyeleri ve Rex makineye girer, Kara Şövalye de onları tehdit ederek sürece dahil olur. Sonuç olarak Meta-Nanitlar Kara Şövalye ve Kurul üyeleri arasında bölünür ve hepsi olağanüstü güçlere sahip E.V.O.’lara dönüşür. Sonuçtan memnun kalmayan Kurul öfkelerini Rex’ten çıkarmak isterler. Ancak Beyaz Şövalye geri döner ve Providence, Rex’i kurtarır. Kurul üyeleri, elde ettikleri yeni güçlerle dünyaya kaos yaymaya başlarlar. Bu tehdit karşısında Ajan Altı, Rex’e tam biyomekanik E.V.O. formunu gösterir. Bu form Kurul'u durdurabilecek kadar güçlüdür fakat hafızasını kaybetme riski vardır. Uzun düşünceler sonrası Rex, Kurul'un karşısına çıkar. Kurul, Meta-Nanitlar'ın gücünü tamamen elde etmek için deneyi yeniden başlatmaya çalışır. Rex tam formuna girer yenilir fakat hafızasını kaybetmez. Bu sırada Van Kleiss, Kurul'a ihanet eder. Aklını hep koruduğunu ve Meta-Nanitlar'ın gücünü en başından beri kendisi için istediğini açıklar. Ardından Rex’in anne babasını, onu durdurmaya çalıştıkları için öldürmüş olabileceğini ima eder. Süreci aktive eder fakat başarısız olur ve kolunu kaybeder. Caesar, anne babalarının Meta-Nanitları yalnızca Rex’in kullanabileceği şekilde programladığını açıklar. Böylece Rex tüm Meta-Nanitları özümser ve sınırsız güç kazanır. Rex, dünyadaki bütün E.V.O.’ları bir anda iyileştirir ardından bu gücü kötüye kullanmamak için Meta-Nanitları kalıcı olarak devre dışı bırakır. Olayların ardından Providence, çalışmalarına devam eder. Caesar, Gabriel Rylander ve Peter Meecham yeni bir proje üzerinde çalışmaya başlarlar. Rex, Circe ve arkadaşlarıyla yeniden buluşur. Hepsi insan hâllerine geri dönmüştür. Kara Şövalye ve Kurul bilinmeyen bir yere kaçarlar. Değişken ise Van Kleiss ve Pack’i portallarıyla götürür. Seri, Rex’in Providence için çalışmaya devam etmesiyle, yeryüzündeki son ve en güçlü E.V.O. olarak Dünya’yı koruma görevini üstlenmesiyle sona erer.
Yorumlar